当然，在承认其积极意义的同时，我们也应关注到该项目的一些缺陷与弊端。尽管如上所述，中石油—苏丹项目帮助打开了中国石油外交的局面、提升了石油外交的能力，但仅就苏丹这一条石油供应源而言，事实上也存在很多局限与风险：
第一，我们能够从苏丹获得的石油数量相对较少，因此，这一供应源对于增进石油供应安全而言作用也十分有限。尽管中国从苏丹进口的石油总量已从1999 年的27万桶上升到2007年的1030万桶，占苏丹石油出口总量的份额从约10%增长到约50%。但从整体看，由于苏丹原油的品质一般、非洲涌现了越来越多的石油供应替代者、以及苏丹国内对石 油储备的重视程度日益提升等因素的综合作用，苏丹石油占中国进口石油的比例从2002年起渐呈下降趋势，近年来苏丹石油在我国石油进口总量中所占的份额也仅仅维持在6%左右的水平上。尽管中国为与苏丹保持石油合作付出很多努力甚至招致不少麻烦，但我们却并不能期冀苏丹政府会因中国在国际社会上对其的“维护”或中石油为其做出的“贡献”就给中国特殊的优惠待遇或照顾中国在其境内的石油开发利益，出于对自身石油利益的考虑，苏丹政府同样在多元化其投资国，因而也会避免对中国一方的过分依赖；
第二，由于苏丹局势至今仍不稳定，未来苏丹这一链条上的石油供应并不能确保稳定与安全。中国目前在苏丹拥有最大规模的海外石油投资，而且这些投资大都靠近战乱地区，如1/2/4 区有部分区域在达尔富尔地区，3/7 区也靠近南苏丹地区。
因此，无论是达尔富尔危机还是苏丹南北冲突的发展状况都会对中国在苏石油项目造成直接影响。除了在促进国家石油安全方面存在上述不确定性之外，中石油—苏丹项目还对中国的宏观外交带来了一定的消极影响，这一石油合作项目事实上已对中国的国家形象造成了很大损害。正是由于介入了苏丹这个很大程度上其他国家避之惟恐不及的战乱之所，又恰好涉及石油这一格外敏感的战略物资，即使是完全正当的商业行为也难免会招致外界无论出于何种目的的猜疑与非议，更何况在这种特定情势之下中国也确实无法把控事态的发展。中国在苏丹问题上所遭受的种种指责，不仅使新世纪里中国政府始终致力于寻求的“负责任大国”的身份受到质疑，更直接冲击了原本作为提升国际地位与国家形象的北京奥运赛事。
此外，参与苏丹石油开发也使国家外交面临诸多挑战：
第 一，中国在对苏外交上面临两难：出于保护在苏石油利益的需要，中国对苏石油外交的一个重要目标就是要努力维系与苏丹政府的友好关系；但同样为了保障在苏石油利益，中国就必须获取在苏丹继续存在下去的合法性基础，因此也就不得不以最为谨小慎微的外交努力去把握游说的分寸，以期在公开对苏施压的同时不挑战中苏友好的底线；
第二，中国长期以来所坚守的“不干涉内政”原则也遭遇严峻挑战，特别是考虑到获取苏丹石油的局限与风险，难免使人产生质疑：为获取苏丹石油付出如此外交代价是否值得，是否得不偿失？
尽管简单以“企业得利，政府买单”的论断来概括政企双方在中苏石油合作项目上的收益状况未免有失公允，但也不可否认，对比中石油的明显获利，站在国家石油外交乃至宏观外交的立场上看，政府在获取收益的同时确实也承担了不小的风险与代价。
四、中国对苏石油外交中的政企角色及其成因
中 石油在中国对苏石油外交中扮演了十分重要的角色：不仅作为影响政府做出进军苏丹决策的有力推手，也成为日后国家对苏石油外交的得力助手；同时，其在推动决 策及执行政策过程中所表现出的独立性与自主性也打破了传统观念。中石油的这种重要角色一般可以从政企利益契合的角度来解释。
尽管前文指出了中苏石油合作较少为人所提及的种种局限，然而由中石油在苏丹开辟的这条石油之路，无论从其自身还是从其带动中国打开石油外交局面的意义上讲， 均符合中国石油外交长远的战略利益。此外，中石油在中国对苏石油外交中所突显出的关键性角色与自主能动性还与中国在能源、对外投资、国有企业管理等方面的 一些体制因素有关。
