秘书恩怨与玄机
“吃小米”的讽喻，拉开了师哲和毛泽东关系的序幕。抢救运动后期，师哲已兼任毛泽东俄文翻译。
1945年起，师哲离开社会部，担任中央书记处办公室主任，三年后又任书记处政治秘书室主任，正式成为毛泽东政治秘书，接触高层核心。师哲的这一转型，除语言优势外，政治因素仍是他身后的苏联背景——归国之初的师哲，另一重身份是共产国际的观察员，观察汇报即将召开的中共七大情况。有此背景，毛泽东对师哲相当客气，第一次让其担任翻译时用了“请你帮我”字样，令师哲意外。
由于七大一再推迟，共产国际开始几次捎信要求师哲返回莫斯科。至1943年共产国际解散，师哲的观察员使命自行消失，但在与莫斯科的电讯和书面联络中，师哲仍是不可缺的一环，其中包括与苏联驻延安代表弗拉基米洛夫联络，此人即著名的《延安日记》作者。
解放之初，师哲的特殊背景继续使他厕身中苏高层政治会谈，陪同毛泽东、刘少奇、高岗等人出访苏联，也直接参与接待苏联领导人访华。斯大林与毛泽东关于中苏友好同盟条约的商谈由师哲翻译；赫鲁晓夫发动“政变”枪毙贝利亚，最早向高岗通报时即由师哲翻译。由于屡屡参与高层枢密，师哲在外人眼里“红得发紫”，却积聚了卷入政治漩涡的风险。
秘书生涯中，师哲也曾偶尔客串情报行当，譬如曾在建国初诱捕前来中国投奔革命的“美国同志”李敦白入狱。在诱捕过程中，师哲显示出不动声色的老练，获得李敦白的信任，数十年后李写下回忆录，仍对师哲颇有积怨。对此，师哲在回忆里中却未提起。
在诸次中苏会谈中，师哲感到了自身身份的双重性。他自述对于苏联人的思维和心理都了解，“能理解斯大林的意向和顾虑”；又在毛泽东身边整10年，毛的心思也能猜透。“他们各自在自己的轨道上运行，而这是两条平行的轨道，永远不会交会。”师哲自然无法将这两条轨道对接，徒然在翻译中打圆场，却足以引起毛泽东疑忌。
两人关系的转折点是斯大林去世。赫鲁晓夫访华，除了给政治局委员人手一份礼品，同时还给了师哲一份，包括猎枪和自行车等。这等殊遇，在毛心中引发了猜测。
师哲回忆录记载，1953年夏，毛泽东突然在政治局会议上质问，是谁把师哲安插在他身边。中央书记处政治秘书室随即被取消，师哲的位置由江青代替。这也是江青摆脱延安时期的“约法三章”介入政治的开始。
1957年，师哲终究离开了秘书圈，到山东担任省委书记处书记。正值中苏关系走向破裂的前夕，毛泽东对他尚需斟酌。师哲回忆，毛泽东每次到山东视察，接见众人后总要将他单独留下，两人对面坐上半晌，却没有什么话说。有时问上一句半句，却又完全不着边际，无从回答。
对于这样一种奇怪的关系，师哲固然忐忑，却也不免有旧恩犹在的宠遇之感。师秋朗回忆，毛去山东视察，师哲喜欢主动凑到身边，合影时离毛泽东最近。师秋朗觉得，毛泽东对师哲的心理拿捏很准确，“宠遇”的实际后果是引起了山东其他人的嫉妒，师哲成为众矢之的。
待到师哲在山东旧病复发犯了男女关系错误，立即被开除党籍下放，毛在此事之中并未加以援手。到了1962年8月，中苏关系完全破裂，处置师哲已无顾忌。此时正好爆发小说《刘志丹》“反党”事件，以习仲勋为首的西北出身干部遭到整肃，师哲也顺理成章地被抓起来，送至北京东总布胡同关押。