更严重的是，由于清廷和各级将领的克扣、侵吞，绿营兵丁的实际收入往往比明定兵饷还要少的多。朝廷的克扣，有扣建、截旷、棚扣、放饷搭钱、本色与折色等名目。扣建是指中国农历有大小月之分，凡小月兵俸饷及马匹粮豆扣除1日份。截旷是将空缺兵丁马匹俸饷草料截止支给。棚扣是指绿营买马经费，都从官兵薪俸中扣存，兵丁每月扣1钱至3分不等。而军马使用未到年限即倒毙者，则要对兵丁罚款．即“赔桩”。至于放饷搭钱、本色与折色都是指发放兵饷银两时按比例搭配部分制钱，或将本应发放的粮豆折算成钱发放。上述各项折算都有一定比例，不随银价起落。
惟清自乾、嘉以后，银贵钱贱之势愈演愈烈，粮食豆草价格飞涨，兵丁领到手的薪饷购买能力更低。与清廷克扣兵饷的数目相比，各级将领侵吞的兵饷则是一笔永远也查不清的黑帐。他们将兵营中各项开支，连同军官见上司的门包钱，通通摊入兵饷之中，由士兵共同负担。经过层层盘剥，最后能够落到士兵手里，供其支配的薪饷是非常可怜的。
据说，福建绿营“每月每兵仅得饷三钱有零，不敷一人食用，别寻小本经济，或另有他项技艺，籍资事蓄”。当“皇粮”填不饱肚子，养不活家囗时，兵弁别寻生计，便是很自然的事情了。
2、清军将领生活的腐化，为保障满洲贵族的优越地位，维护封建等级制度 `清廷始终给予高级将领十分优厚的待遇。
如八旗在京都统每年俸银180两、 禄米180斛，驻防将军每年俸银81两、薪银144两。此外，将军每年还可以领养廉银2000两，领40人家囗的丁粮银、50匹马的草料银，绿营最高将领提督俸薪、养廉银与驻防将军相同，同时又有蔬菜烛炭银；心红纸张银等补贴，经济上是相当宽裕的。
自嘉、道以来，承平日久，将领们生活日益腐化，终日图谋私利，不是花精力去训练兵丁，而是随意减少训练时间，派兵丁为他们私人办事跑腿，勒索盘剥，无所不为。对此，清朝统治者并非毫无察觉。
1799年初，嘉庆帝即在谕旨中指出：“近闻各省营务，如提、镇大员，一味养尊处优，全不习劳，将营务委之将备，将备又委之千、把，因循玩遏，所谓训练全属有名无实。”一年之后，看到军队将领好逸恶劳的风气全无改变，他又下旨申斥：“外省属员逢迎馈送，最为州县陋习，节经降旨行节饷禁，而绿营亦往往效尤。即如上司到任三日内，所属为之备办供应，家人亦多方勒索。及至生辰贺喜等事，属员皆致送礼物，或索取土仪，若遇上司巡查营伍公出，经过营汛为之预备公馆，铺设供张，以华侈为能。此等积弊，在文员系剥削民间，肆行扰累，而武弁则惟克扣兵粮，借端摊派。