1840年鸦片战争之后，西方列强对中国的侵略一步步深入。其中一个重要方面是由外国人掌管中国各地海关。英国人赫德曾任中国总税务司达数十年之久，中国各分关的大小职务也多由外国人担任。海关缉查走私的任务亦不再归清军负责。
但军队地位的重要性及其所执行任务的特殊性，决定清军仍拥有一定的特权。一些腐败分子正是充分利用了这一特权，使用近代化的军事装备进行大规模走私。其中最典型的例子，是80年代北洋海军的军舰在从朝鲜到国内航线上执行任务时，一些军舰的管带和军官利用军舰不受检查的权力，将当地特产人叁藏在身上或行李中私自运出。
为此，朝鲜总税务司墨贤里曾要求袁世凯建议直隶总督李鸿章颁布一条规则予以禁止。晚清时期，清王朝高度中央集权的军事体制被打破，各省督抚相继获得各种军事权力，包括办军工业企业，筹措资金、采购军用物资等经济方面的权力。许多军事行动的后勤保障也由有关将领们自己拣选人员负责。一些将领趁机利用手中的权力经商牟利以自肥。
如左宗棠在镇压陕甘回民反清活动和收复新疆的战争中，以江浙富商胡雪岩负责后路粮饷。胡氏借外债1500万两购买军火时，却将官款挪用作周转金，在上海开设阜康钱庄，专作汇兑，分号遍及南京、镇江、宁波、杭州、福州及两湖地区，又在江浙、两湖开设当 23处，在杭州开胡庆馀堂药铺，包揽军队定货。到1872年，其资财已达2000万之巨。
李鸿章在甲午战争中，任用与买办、富商关系密切的盛宣怀办后路台。盛氏在清末成为中国最着名的官僚兼巨商，与他长年经办军火及后勤物资有很重要的关系。李鸿章坐镇北洋多年，掌管北洋海陆军需采购巨额款项，为此外国商人整日在其衙门里来来往往，以行贿手段要求其属下军官及亲信购买各类军用物资。北洋各级将领由此大发横财的不在少数，同时，军队里存在的一些陋规，也成为军官们的生财之道。
比如在北洋海军中，按规定每月都有一笔油漆舰身及购买灯油、润滑油、棉纱绳的费用，而且不以支领实物的方式，全折成现金发放。但舰上军官们将钱领来，却很少去买实物，大都塞进自己的腰包。主管近代军工企业，同样是清军将领中饱私囊的一条捷径。军工企业的产品虽然不进入商品流通领域，但军工企业的生产总与商品、市场经济有着割不断的联系，这些环节便成为主管官员为个人牟取利益的渊源。如沈葆桢主持福州船政局时，所有经费交钱庄存放，每月高达40至50万两，其利息是相当可观的。
继任者黎兆棠在3年任期内，私蓄达60万两之多， 在上海江南制造总局，主管官员竟把物料的采购看成是个人获利的“禁脔”，公然做出规定：凡是局中需要量最大的物料，都要由总办以最廉价购进，然后再由他人出面以高价售给局里。凡欲将物料售于局里，都由总办先与其谈好回扣，然后再谈物料价钱，其捞钱牟利已经到了明目张胆的地步。