与此同时，朝廷中的顽固派希望借助义和团“尽焚在京夷馆，尽戮在京夷酋”，然后继续做闭关锁国“天朝”的美梦，以痛恨西洋、批评洋务著称的大学士徐桐见之喜不自禁曰：“中国自此强矣。”
由于民教冲突日益增多，清廷在上谕中指示各省办理教案，应遵照“化大为小，化有为无”的原则，地方官不应“误听谣言”，避免引起更大的外交纠纷。1900年1月27日，英、美、法、德等国驻华公使同时照会总理衙门，认为上谕的措辞给人的印象是“中国政府对义和团和大刀会这样的结社抱有好感”，要求清政府“下令指名对义和拳和大刀会进行全面镇压和取缔”。 (胡滨译：《英国蓝皮书有关义和团运动资料选译》，第12～13页。)3月2日，英、美、德、法、意五国驻华公使，再次前往总署施加压力。三天后，五国公使威胁说，如果他们的要求得不到满足，将采取“必要手段”。
5月中旬以后，以端王载漪、刚毅为首的顽固势力，召引义和团入京，包围使馆、教堂，烧杀事件时有发生，京城秩序大乱。就连光绪的处境也处于危险中，载漪为了他的政治目的，在义和团民中煽动“杀一龙(光绪帝)”的活动，6月25日，载漪、载勋一伙带领60余名义和团民闯到光绪帝临时居住的宁寿宫门，他们口称寻找“二毛子”，“大声呼噪，请皇帝出宫，群呼杀洋鬼子徒弟，杀洋鬼子朋友”，欲对光绪帝下毒手，甚至当面“呼帝为鬼子徒弟”，最后慈禧太后亲自干涉，此事件才得以平息。(黄鸿寿：《清史纪事本末》，第67卷，第4页，北京图书馆出版社，2003年版。)
5月15日，日本使馆书记官杉衫彬在永定门外遇害，北京城里很多人已经预感到了事件的严重性，“都人闻信，咸栗栗戒惧，知有危祸。各使馆外人，尤大哗愤，群起向总署诘责，问我政府究竟有无保护外人能力？当局支吾应付。”(吴永口述，刘治襄记：《庚子西狩丛谈》，第18页，岳麓书社，1985年版。)
3天之后，英国公使窦纳乐致函给清政府，告诫如果事情事态持续下去会带来无法预想的后果：“我要再一次请贵国皇帝和大臣注意，六个月来，我不断在口头和书面提醒贵国政府，说你们如果不采取适当办法镇压义和团和大刀会，将引起极大的危险，而你们对我的劝告一向回答说‘这是过分的忧虑，夸大了危险性，中国政府正在办理有益于和平的一切事情。”(《窦纳乐致满清总理衙门信》，《义和团史料》，下，第543页。)
杉衫彬被杀之后，团民又扬言要焚烧各国使馆，朝廷内部一部分开明官员作出反应，劝告各国公使暂时回国，慈禧太后在权衡利害之后颁布谕旨，著派兵护送使馆人员赴天津。各国公使遂赴总理衙门辞行，但在德国公使行至总布胡同，却被一兵士击毙。于是各国公使认为清政府无保护诚意，行亦死，居亦死，随即各公使电告政府设法派兵保护，“卒动列强之公愤，招八国之联军。”(《综论义和团》，《义和团史料》，上，第159页。)
在民间，甚至有许多无辜百姓被团民指为二毛子而惨遭杀害。5月28日，直隶总督裕禄致电总理各国事务衙门：“二十九夜(5月27日)先闻涿州至琉璃河一带猝被拳匪将铁路焚毁，讵今早由琉璃河至长辛店一百余里沿途铁道车站桥梁并局所洋房，均有拳匪蜂起焚烧”。与此同时，各地纷纷告急：“刻下电线又阻……至长辛店线阻，由琉璃河至涿州线，被匪徒砍断。”
