由于当时国家农委的主要负责人不赞成农村搞包产到户，中央于1980年3月调万里同志任国家农委主任，全面主持农村改革。万里上任后，首先组织农口各部门大批干部赴各省农村调查，倾听农民意见。
调查结果表明：绝大多数农民和基层干部赞成包产到户。已包产到户的增产明显。
在摸清全国情况的基础上，万里主持召开农委党组扩大会议，分析形势、统一思想。在这次会议上万里批评了左倾残余思想在农村改革上的表现。认为不肃清“左”，农业永远不能翻身。
之后，国家农委起草了一系列文件，总结了很多经验，采取了一系列措施，将包产到户规范为双层经营家庭联产承包责任制，在全国推广。万里同志还领导制订了5个“一号文件”，使中国农村改革有序前进，创造出了举世震惊的奇迹——八亿农民平稳地从人民公社的桎梏中解放出来，谱写新的篇章，农业连年丰收。
万里担任副总理后，仍然主管农业，对全国农村改革把脉定向，对农村工作作出过许多精辟指示。他在任全国人大委员长期间，还为全国农村发展制定了一些法律，尤其是他提出要振农村家庭联产承包责任制长期不变写在宪法中。这个意见在修宪中被采纳。
为了支持、引导农村改革的健康发展，在万里主持下，党中央、国务院连续发了五个1号文件。但这些文件并没有下命令，说一定要在哪年哪月全面推开，而是各地看到承包所显示出来的优越性，然后很快自发推广的。有的地方想挡也挡不住。结果，实践证明凡是实行了家庭承包的地方，农业生产状况迅速改观，出现了惊人的增长。改革解放了生产力。在事实面前，绝大多数同志的思想逐渐统一起来了，家庭承包责任制在全国迅速推开，并且在以后的实践中逐步完善，最终形成了现在这种以家庭联产承包为主，统分结合的双层经营体制。这是在中国共产党领导下广大农民对社会主义制度的一项伟大创新。其伟大之处就在于它使生产力最基本的要素一一劳动者获得了第二次解放，而这一解放的实质，又在于使农民获得了对土地这一基本生产资料的经营自主权，获得了对自身及其劳动所创造价值(大部分)的自由支配权。
1989年那场风波之后，有人想借社会主义教育之名，否定农村改革的大方向，要让农民重走“一大二公”的合作化道路，万里同志与其他同志一道坚决顶住了这股错误思潮，受到小平同志赞扬。已经吃饱了肚子，并日益富裕起来的农民，永远都不会忘记在关键时候挺身而出为他们创造出经验、争得自主权的万老。
万老虽然年事已高，但他仍然关心着全国的三农事业。不久前还为小岗村大包干展览馆题写了馆名。
八十年代，万里是国务院常务副总理，他与胡耀邦、赵紫阳大思路一致，工作配合默契，在推动整个经济体制改革方面做出了杰出贡献。
城市经济体制改革的局部尝试
七十年代末、八十年代初，在农村推行家庭联产承包责任制的同时，在国有企业方面也开始了扩大企业自主权的试点。四川省在省委第一书记赵紫阳的主持下，最早带头探索扩大企业自主权、调动企业积极性的路子。扩大企业自主权的核心是放权、让利。长期实行的计划经济体制，将工业企业捆得死死的，窒息了企业的活力。1978年10月，四川省委决定选择六个不同类型企业，进行扩大自主权的试点。1979年1月，省委根据党的十一届三中全会精神，在总结初步试点经验的基础上，制定了扩大企业自主权急需落实的１４项政策、措施，并选择１００个企业作为第一批试点。
我当时作为四川省财政局长、党组书记，十分赞赏并积极支持省委的改革思路，对省委提出的改革措施或者要财政上解决的问题，总是千方百计给予支持。根据省委的指示，先后出台了促进经济发展的一些措施，如对新办的社队企业和城镇集体企业三年内免征所得税，对集体手工业增长的所得额减半征税，对红薯、甘蔗等代用品烤酒适当降低税率，对一些政策性亏损的产品如小生铁实行定额补贴，“五小工业”实行利润分成，小水电利润不上交、用于以电养电等。同时还对广汉、新都、邛崃等县，进行了财政包干试点。这些在当时看来“合理而不合法”的政策，对于四川工业生产的恢复和发展起了积极促进作用。
四川省１００个扩大自主权试点企业生产上升、利润增加的可喜成效迅速传遍全国，传到北京。当时的国务院副总理兼国家经委主任康世恩敏锐地感觉到，这是改革现行“统收统支”财政管理体制、搞活国有企业的勇敢尝试，对打破“大锅饭”、激励企业积极性有着重要意义。1979年1月，省委根据党的十一届三中全会精神，在总结初步试点经验的基础上，制定了扩大企业自主权急需落实的１４项政策、措施，并选择１００个企业作为第一批试点。
我当时作为四川省财政厅长、党组书记，十分赞赏并积极支持省委的改革思路，对省委提出的改革措施或者要财政上解决的问题，总是千方百计给予支持。根据省委的指示，先后出台了促进经济发展的一些措施，如对新办的社队企业和城镇集体企业三年内免征所得税，对集体手工业增长的所得额减半征税，对红薯、甘蔗等代用品烤酒适当降低税率，对一些政策性亏损的产品如小生铁实行定额补贴，“五小工业”实行利润分成，小水电利润不上交、用于以电养电等。同时还对广汉、新都、邛崃等县，进行了财政包干试点。这些在当时看来“合理而不合法”的政策，对于四川工业生产的恢复和发展起了积极促进作用。
四川省１００个扩大自主权试点企业生产上升、利润增加的可喜成效迅速传遍全国，传到北京。当时的国务院副总理兼国家经委主任康世恩敏锐地感觉到，这是改革现行“统收统支”财政管理体制、搞活国有企业的勇敢尝试，对打破“大锅饭”、激励企业积极性有着重要意义。1979年7月，在对企业扩权有争议的情况下，国家经委党组毅然决定在成都召开带有现场会议性质的全国工业工作会议，推广四川省企业扩权的经验。康世恩在会上指出：“扩大企业自主权，这是一个大政策，势在必行。这样做，解决了目前许多企业中存在的干多干少一个样，干好干坏一个样，盈利亏损一个样的问题。”会上，除主管工业的省委书记杜星垣作了报告外，我在会上作了发言，介绍财政如何支持工业生产和改革的做法。我说：“逐步调整国家、企业、职工之间的分配关系，打破‘统收统支’的局面，恢复社会主义企业作为相对独立的商品生产者的应有权益，这个方向是不可动摇的。”这次会议后，很快在全国范围内进行了以减税、让利、扩权为核心的扩大企业自主权试点，并取得良好效果。
