杨增新的墓碑
西出阳关无好人
杨增新上台后，对新疆吏治曾如是评论：“查前清吏治以新疆极为腐败，而新疆吏治又以南疆极为腐败——南疆回缠纷纷投入外籍，其原因虽极为复杂，然多由官吏之虐民所致。”他认为新疆吏治腐败的原因是，官员“多自万里而来，其来既难，归亦不易。一旦得官，即以回缠为鱼肉，横征暴敛，为全国所无。”故杨增新认为西出阳关无好人。
杨增新整顿吏治的思路是：严惩、教化、监督、高薪。
从新疆设省到杨增新上台，近30年间无一基层官员因贪污被参。杨增新认为不严厉肃整便无法让官员有基本的廉耻和畏惧，不制定标准则无从促进官员有所为。杨上任不久，亲自制定了一套对基层知事区别良莠考核标准的评级制度，分甲乙末三等，据此奖掖提拔或予以惩罚。
1914年，经舆论准备，杨通报奖励了三位知事，其中一人上报中央授予勋章。但更多官员受到惩罚。仅喀什下属12县就撤职11人，贪污亏空罪行最严重的迪化（乌鲁木齐）、伊宁两县知事，遭枪决。至1918年，遭枪决、遣送出境的官吏多达17人。
杨增新认为，官员不肖，在新疆会有极大危害：“若以暴易暴，回缠虽愚，必不能束手待毙，以听汉官之宰割。”根据1915年中央政府颁布的《官吏犯赃治罪条例》，杨增新定下贪污公款达到500元者可处以死刑的规定，此数字成为新疆后世遵循的贪官量刑惯例。
杨增新虽然经常口称“共和”，但又认为“共和与专制无优劣”，他对辛亥革命以来中国的乱局失望已极。在他看来，西方的选举制、政党制均非良制，内心渴盼的理想是圣贤专制。
尊孔被杨增新视为官员教化的最重要手段，凡官员上任，必亲率众人在孔庙跪拜发誓，遵循圣贤教导，做好百姓的父母官。为了让手下官吏德、才精进，杨增新亲自辑录清代一批政声卓著基层州、县官员的学治论文，汇编为《学治要言》，印发给各级官吏，后又编著《学治要言续编》。
新疆天高地阔，官员外放即为一方诸侯，外人无法约束，杨增新认为“有坏官无坏百姓”，可发动百姓直接监督现任官员，于是有了“邮禀”举报制。
该举报制规定：但凡官员遭举报，轻则立即查办，重则先撤后查，仅凭供词雷厉风行，倘若查无实据，不追究控告者责任。汉族百姓控告官员，需面呈诉状，维吾尔百姓控告官员，只需贴上邮票寄来，无需躬递。
“邮禀”举报制极大的震撼了官场风气。以至于北京政府派往新疆考察财政的谢彬认为，新疆的肃贪运动有矫枉过正之嫌，以至于有刁民利用它来挟制基层官员。
杨增新虽然极为强调官员修身养性，但也认为新疆吏治腐败的部分原因是薪俸过低不切实际。当时新疆财政虽然极为困难，但杨增新在一番裁撤惩罚后，力排众议大幅提高官员薪资，将其整体水平提高到内地同级官僚的近十倍。
为造就一批符合杨增新政治理念的官员，1916年，杨设立“政治研究所”，主要任务是培养县级主官，学员为即将上任的知事或县佐，其必修课程有外交、财政、警察、实业、法律等，此外还有关于新疆地理、历史、风土、人情的知识。将外交置于第一是因为新疆地处边陲，毗邻英、俄，外商、外侨遍布全疆，稍有不慎即起衅端。
杨增始终认为内地客籍官员管辖本地土著不是长久之计，他也始终不肯信任内地派来的新派人物。他甚至认为，共和时代，自治是世界潮流，新疆稳定，全赖当地人民认为“代治”优于“自治”。“用新疆之人以守新疆，此增新素来办事宗旨”，并非杨增新挂在嘴边的漂亮话。
为实现“不致借材异地”的理想，1920年杨增新创办了蒙哈学校，招收蒙哈上层子弟，准备造就一批忠于自己政权的蒙哈干部。
1923年创办俄文法政专门学校时，杨增新派代表告诫学生：“你们都是本地人，将来毕业后，都有做县长的资格，你们要好好读书”。该学校的学生被反复灌输“以本地人才治本省之事业”。杨增新非常重视这个寄托了他新疆未来的学校。不仅免收各种学杂费，学生每月还另发二十两省票津贴。
但是，杨增新没有等到他们成才的那一天。1928年7月7日，杨增新在法政专门学校毕业典礼上遇刺身亡。
也许，斯文 赫定对杨增新的评价最为全面：“杨增新学问渊博，眼光远大，心胸恢弘，手腕灵活，他如果生长在欧洲的社会，必是一个伟大人物。他是一个代表中国旧社会、旧文化、旧道德、旧传统的最后一个典型人物。”