老子的小政府
杨增新服膺儒家修身之道和老子“无为而治”的治国之道。与内地大小政权不断加税、增兵、扩权相反，杨的治理之道是减税、裁军、缩权。他曾自夸道：“十年以来，从未加赋税，从未借债，人民负担尚轻，是以外人过激主义遂难输入。”
当时环境下，新疆做到这点极为不易。
自左宗棠收复新疆始，新疆的国家机器运转皆需仰赖内地协饷，庚子赔款后清廷财力不足，但每年也高达240万两（不含伊犁、阿山地区）。辛亥革命后，内地各自为政，新疆从此断绝了内地财政支援。新疆维持财政平衡、保持物价稳定的难度，高于中国任何一地。
杨增新上台时，为平息战乱、遣返革命党人，新疆财政已造成巨额亏空。1913年，新疆军费支出为557万两，而财政收入仅80万两。后经系统清理财政，1916年财政收入上升到了330万两，但顾及人民负担，财政平衡只能靠大幅削减支出。
1912年，杨增新改组全疆行政体系，将府、厅、州、县一律改为县治，裁撤了迪化（乌鲁木齐）、伊犁两府和霍尔果斯通判。新疆省设37县，一等县6个，二等县17个，三等县17个。一等县全部科长科员12人（不含雇员），二、三等县全部科长科员6人。
裁撤下来的冗员，杨增新安排垦荒或改营经商，并在公文中提醒在职官员“从速自谋生路，不要存做官之心”。
1912年新疆战事初平，杨增新开始大规模裁剪兵员。此举深刻改变了新疆驻军的构成——新疆驻军多由内地汉人组成，大规模裁撤重组后，省军变成了本地穆斯林为主的多民族混合军队。杨增新认为，“以本省之人为本省之兵，则招之来可以麾之去，他省之人为本省之兵，则聚之易不免散之难”，化解了新疆出现军阀的可能。
到了1916年，新疆省军编制3万，实际常不足1万。由于极度压缩军费，新疆省军被称为“叫化子军”，甚至不少士兵所持枪支是涂墨染色的木制假枪。杨增新对百姓嘲笑省军的破败不但不以为意，反施行更灵活的寓兵于民的政策：农忙时节，放开营门让士兵自行充任耕作劳力，农闲时节同样打开营门，让饥馑者以当兵为名混口饭吃。
在杨增新看来，对内施以善治，防止过激主义煽动，对外不妄生事端，信守公法，即便只有象征性的军队，亦可保一方平安。反之，“自治潮流日盛一日，断非快枪快炮所能压制。”
经济上，杨增新同样奉行“无为而治”。他对经济发展的注意力，主要在督导开渠垦荒，发展农业之利，而不在工业。杨任内值得一提的工业成就，多为维吾尔人兴建的民营轻工企业，譬如阿图什的穆萨巴尤夫家族皮革厂的产品成功打入欧洲市场。而通常是工业命脉象征的官营重工业企业，则乏善可陈。
杨认为新疆投资重工业断无法与苏俄争雄，只有农牧轻工业方才可行。但选派学生出洋留学，也不以回国后兴建官营现代企业为目的，而是学成后让他们回到民间自行改良传统技艺。
杨增新认为官方只须教导百姓改良，官方投资办厂应当审慎，不然近于垄断且易造成亏损，于贫民生计无益。
新疆吉木萨尔、巴里坤两个军马场的“企业改制”遵循的也是同一思路。历代军马场皆属官办，但历经反复整顿，军马场依然亏损严重。杨增新决定将全部官马租赁给土尔扈特牧民经营，施行“铁畜制”，即每100匹官马，每年报交仔马10匹，只要保证基本马品质数量，其余归牧民所有。此举让双方均大获其利。
近代中国人普遍有兴建大型企业标榜现代化成就的强烈冲动，唯独杨增新是罕见的异数。其任内现代工业的成就远不如后来盛世才时代，这或许是杨被诟病为落伍保守的最大因素。只不过，盛世才的工业成就，建立在巨额苏联外债、大量出卖国家权益和巨额财政补贴的基础上。
不过，杨增新虽勉力将小政府模式推到极致，仍无法真正解决财政平衡问题。
自1912年至1927年，新疆累计财政赤字4960万元，解决亏空只剩超额发行纸币一途。杨增新也承认新疆人民的负担并不轻，斯文 赫定提到，杨增新对他说，虽然新疆有300万各族人民，但从总的税收情况看，这个省住着800万人。