总体来说，1949年后30余年，新疆民族关系相对融洽，暴恐事件较少发生。改革开放初期10年，新疆生产力得到解放，开放态势明显，新疆问题一度缓解。但苏联解体和东欧剧变后，民族宗教体制和政策的固化及双泛主义思潮的渗透泛滥，新疆问题有恶化发展的态势。
首先是民族宗教关系高于法律法制关系。在改革开放以前，阶级关系取代一切，民族和宗教问题暂时被遮蔽了，加之新疆实施高工资政策和利益分配较为公平，使得新疆问题相对缓和，呈现稳定祥泰的气象。改革开放时期，阶级斗争和阶级关系被经济建设取代，但未建构法律至上的机制和公民社会体制，事实上，在新疆民族宗教关系至高无上，大于法律法制关系，我们不是在缩小民族差异，而是在扩大民族差异，这是新疆最大的问题。同时，新疆伊斯兰教发生了巨变，据统计，新疆伊斯兰教清真寺由1979年的2000多座发展到现在的2.43万座(主要是上世纪80年代的迅猛增长)，教职人员由3000多人增加到2.8万多人。新疆穆斯林平均500多人拥有一座清真寺，而中东平均1200人，伊朗约1.1万人，埃及约为2500人。新疆初等教育学校及大中专院校近5000余所，新疆清真寺的数量是学校的5.3倍。新疆有2371个行政村，平均每个村拥有4座清真寺。特别是极端宗教思潮进入新疆对信教人士影响较大，不少人利用合法身份借宗教活动宣传和鼓动分裂思想，尤其是这几年，在国内外环境共同作用下，极端原教旨主义在新疆出现了一定程度的恶性发展。一些穆斯林连伊斯兰教最基本的“五功(念功、礼功、斋功、课功、朝功)”和“六信(信安拉、信先知、信经典、信天使、信末日、信前定)”的教义都不知道，更不知晓伊斯兰教的教规，只知道“自己是穆斯林，和汉人不一样”。
其次是民族政策出现了诸多的偏差和失误。在落实政策上，大力拉拢少数民族上层，如以前的贵族(农奴主、巴依)和他们的后代、宗教界的上层人士等，为共和国初期的反“疆独”斗争和一系列社会改革中的“扩大化”“平反”，却把一批拥护中央的少数民族积极分子打成极左分子。仅仅在宗教界，十一届三中全会以后就为1500人“平反”并恢复了教职。少数民族上层并未因落实政策对中央怀有感激之心，反而抱怨自己受到的“迫害”，甚至或明或暗的支持分裂势力。另外，十一届三中全会以后，对于共和国初期新疆违反民族宗教政策的汉族干部也进行了“平反”，例如1979年3月17日，中共中央宣布：“1952年新疆省第二届党代会对王震同志和新疆分局的批判是不符合实际的，中央当时撤销王震同志的新疆分局书记、军区政委及财委主任，是不公正的”。这种自相矛盾的政策既得罪了汉族干部，又得罪了少数民族干部，使双方的矛盾迅速激化。
到了1980年，新疆的区党委扩大会议都开不下去了。胡耀邦把他们找到北京开会，搞了个纪要，其倾向是压汉族干部、抬民族干部。这个纪要一传达，双方的矛盾更加激化。为了挽回“纪要”的不良影响，赵又让邓力群起草了一个复电，强调了一下汉族干部、解放军所起的作用，还讲到新疆党组织成立以后汉族干部所起的作用，强调民族干部和汉族干部要互相尊重、互相团结。这样就形成所谓民族干部要“纪要”，汉族干部要“电报”。使双方的对立进一步持续，新疆很长时间都没有安定下来。
再次是改革开放以来，新疆和内地以及新疆内部的贫富差距急剧拉大。在毛泽东时代，中央的民族政策和内地大力支持新疆，新疆地区的工资水平在全国名列前茅，维吾尔族人的生活质量和当地的汉族人也差不多。改革开放开始以后，由于实施优先发展沿海地区战略，使新疆各民族和内地特别是沿海地区的经济发展水平和生活水平差距急剧拉大；“容许一部分人先富起来”，新疆少数民族中除了少数人先富起来了，大多数和汉族人一样，其生活水平和质量与这些人的落差很大。而新疆汉族由于在整体文化层次方面还是要强于少数民族，又实行了计划生育，人口的增长比少数民族小，还有一些内地富人来新疆经商，这使得少数民族和当地汉族的贫富差距拉大。新疆地大物博，资源丰富，少数民族对生活的不满必然高于其他地区。上世纪90年代进行的国企改革，大批职工下岗失业，新疆地区是国企最集中的地区之一，受到的影响尤为严重。加之，实现少数民族人口差异化政策，新疆南疆人口增长迅猛，使得新疆大批“富余”劳动力被迫外出打工，尤其因生活所迫而背井离乡外出谋生、奔波操劳在社会最低层的新疆少数民族，由于民族、文化及生活习惯等方面的原因，他们很难融入到客居地的社会中去，他们有着比汉族地区外出谋生的人更大的工作和生活困难。像在深圳很多新疆来打工人员受到歧视，找不到工作，为生活所迫转而偷窃的事情比比皆是。深圳政府打击偷窃治标不治本，导致民族矛盾日益加深；当地的企业为了防止工人团结反抗，更极力煽动民族矛盾，使民族矛盾日益加剧。
第四是是腐败问题日益严重加剧新疆问题。由于新疆民族宗教问题复杂，抓了汉族腐败分子怕少数民族借此掀起对中央的不满搞分裂，抓了少数民族腐败分子又怕少数民族认为是民族歧视，结果打击腐败很不得力，新疆地区成了腐败的重灾区。结果，“疆独”分子一宣传“汉人和维奸贪污腐败，欺压维吾尔人”就能引发少数民族的共鸣。
第五是大汉族主义倾向加剧新疆少数民族的不满。部分汉族人宣称从“公元前60年西域都护府的建立起，中央政府对新疆地区的管辖从未中断过”，把突厥汗国、高昌回鹘王国、于阗王国、喀喇汗王朝、西辽王朝、察合台汗国、叶尔羌汗国的新疆地区的地方政权的历史一笔抹煞，这种大汉族主义倾向加剧了新疆地区少数民族人民的不满。在新疆，强化国家认同需要重视防范大汉族主义，破除狭隘的中原中心史观，逐步改变心态上倨傲、智识上无知的危险局面。特别需要消解以汉民族(族群)取代“中华民族”的不当作法，充分发掘新疆其他55个民族对于中华民族共有精神家园的既有和将有的贡献。
新疆的核心问题是什么？暴力和恐怖活动？还是民族区域自治制度的立法？抑或极端宗教主义的盛行？族群的隔膜和经济发展不平衡？民族宗教关系高于法律关系？民族间不平等、不尊重、不信任和世代生活方式的改变？境外敌对势力的渗透？
我以为，新疆问题的表象是暴力和恐怖活动，实质是泛伊斯兰、泛突厥和泛民族主义的叠加共振及法制至上理念的缺失。加之，贫富悬殊、利益对立、文化隔阂、公民意识不足、官员形象丑仕、干部选拔任用混乱荒谬等，这一切也给新疆不稳造成较大的影响！新疆问题的求解不仅是经济发展和个人收入提升之路，更是法制、平等、尊重、信任、公正和思想及文化认同之道！
