而对于这一切，穆尔西和兄弟会却显得迟钝和麻木。他们继续依仗着大选高达51.73%的得票率，和一度高企的民意支持率（去年10月，兄弟会支持率曾高达80%，穆尔西个人则高达60%），不断强化自身权力。就在此次政变危机爆发前夕，他们还不断插手司法、立法系统和检察院的人事安排，试图“掺沙子”、“挖墙脚”。
在政变前夕，埃及总共27个省中，兄弟会背景的省长已达11人（其中7人是6月份突击任命的），其中一些人选极富争议，如卢克索省长被提名人，就是对1997年导致近60名游客死亡的恐怖事件负责的Jamaa Islamiya组织头目。正如埃及研究专家查伊玛·哈萨博所言，兄弟会核心只顾自身揽权，却忽略了一个常识，即伊斯兰教条不能取代务实的政治、经济计划。经济的萎靡不振，让穆尔西政府承受和穆巴拉克政府后期同样的社会问题和经济压力，IMF苛刻的救助条件让他不得不转向卡塔尔，结果是更多的宗教保守政纲出台，并引发更多矛盾。
原本兄弟会拥有最强大的群众势力，信徒号称占埃及总人口1/4，而反对派则四分五裂，观点纷纭，形同散沙。但随着兄弟会不断排斥异己，树立权威，自由派、世俗派、什叶派穆斯林、科普特基督徒、知识分子和女权主义者们纷纷聚集到“反兄弟会”的旗帜下，一如当初他们和兄弟会以“反穆巴拉克”的理由联合。
军方插手与国际反应
6月26日，由自由派、世俗派和左翼反对派组成的“救亡阵线”开始大规模“倒穆”，在短短几天内便号称征集了2200万人签名。兄弟会则发起反示威，持续的暴力冲突导致包括1名美国人在内的17人死亡，数百人受伤，其中首都开罗死亡8人。4天后，穆尔西举办执政一周年庆典，比兄弟会更原教旨的派系“萨拉菲光明党（Al Nour Party）”拒绝出席，且脱离与兄弟会的联盟阵营。同日，抗议活动达到高潮，当天的示威和对抗导致16人丧生。
7月1日，“救亡阵线”向穆尔西发出“24小时内辞职”最后通牒。同日埃及国防部长西西向穆尔西发出“48小时内向示威者作出满意交代，否则军方干预”的最后通牒。
军方立场改变是关键一着。在穆巴拉克下台后17个月的过渡期中，军方和兄弟会的一搭一档，让原本渴望上位的自由派、世俗派白忙一场。可以说，是军方的倾斜姿态，成就了兄弟会的一年执政。然而去年8月，穆尔西发布政令，解除任职20年之久的坦塔维元帅和总参谋长萨米·安南将军的职务，极大削弱了军官团的影响力。对此军官团虽表面顺从，却一直在等待时机出手干预，避免埃及政局向更加不利于自己的方向发展。
经过两年多的政治斗争，自由派终于明白，靠游行和静坐赢不了政权，靠选票也推不倒兄弟会，军方是他们“翻盘”的唯一希望，因此他们从一年前高呼“军队还政于民，一天都不能等”，一变为敦促军方早日干政，甚至喊出“军官团做什么都是对的”口号。军方等待的，正是这个大好时机。
对此兄弟会和穆尔西采取了毫不妥协的姿态。7月2日，穆尔西发表电视讲话，称“人们选了我，选举是自由和公平的，为维护国家秩序愿献出生命”，从而拒绝了军方的48小时最后通牒。他称清除穆巴拉克政权残余和解决腐败“需要一段时间”，还在推特上呼吁军方收回最后通牒。
