由于小产权房的用地越过了政府对商品房用地的统一部署，因此政府对此一直不予承认，不向这种住房颁发房产证，是其用以约束、钳制这种住房的一个“杀手锏”。
小产权房是土地制度二元化的产物
所谓小产权房，指的是城市边缘地区的农民在自己的宅基地上建造住宅，也有的是以集体名义在集体建设用地上建造类似于城市小区的商品房住宅群，再向市场出售。由于这些房屋的土地来源不像城市商品房一样必须通过招拍挂的途径获得，不存在一大笔土地费用，从而使房价相比于城市商品房低了好多，因此对城市的中低收入者很有吸引力。像广州白云区的小产权房，卖房广告上开列的价格是“三房一厅17.6万元起，三房两厅23.8万元起”，相比于城市商品房市场上目前动辄每平米三四万元的残酷现实，这个价格的吸引力自然是非常高的。这也是一些购房者明知小产权房存在各种风险仍然蜂拥而至的一个关键因素。
小产权房之所以能够开出令人心动的低价，关键就在于它省去了高昂的土地费用。从合规商品房和这种不合规的小产权房的对比之中，我们可以清楚地看出目前城乡分割之下土地制度的差异所产生的市场扭曲。而几年来的房地产调控之所以失效，其关键就在于回避了商品房市场土地供给制度所存在的深层次问题。由此可见，小产权房的出现，其实是市场对这种畸形的土地制度的一种矫正。按照现在的制度，同样一种土地，农民建造房屋对外出售为不合法行为，但国家征收以后再行高价拍卖，由开发商建造房屋以后对外出售就是合法行为，这样的制度实际上加剧了房价走高，正是改革的对象。
显然，小产权房是长期以来形成的不合理土地制度的产物。今天，当政府部门动用行政力量，要对小产权房施以惩处的时候，或许可以在市场上起到立竿见影的效果，使政府的权威得以维护。但是，这种对小产权房的“围歼”客观上起到的一个效果只能是在击碎民众通过小产权房改善居住的梦想之后，维护了已经问题重重的城市土地供应制度，并进而维护了城市的高房价，进一步加剧房地产调控的困难。政府不承认小产权房，所起到的效果只是保护了城市商品房开发商的利益，当然也保护了政府自身的利益。
