他得到市检察院的回复，依然由他查办，市检察院“希望把这个案件消化在淮北”。他将无罪的意见向区检察院汇报，区检察院检察委员会也一致认为无罪，之后由分管院长和科长向市检察院作了汇报，最终同意无罪意见。
无罪的程序准备好后，突然有一天，孟宪君被检察长叫去，说市检察院来电话，要求对高尚案件进行起诉。
“我说怎么起诉？无罪就算错案啊？而且这是我们检委会的一致意见，怎么起诉？”孟宪君存疑，他得到的回答是市委某领导说了无罪也要起诉。
中国青年报记者在向时任检察长与检察委员会的数名成员就此进行核实时，多名检察官均表示“年代久远，记不得了”。
准备起诉之后，怎么写起诉书让孟宪君犯难，当时其他人提意见按公安局的起诉意见书抄，“抄也不对，他们定的是440万元，我们也不能太离谱啊，和公安局要有区别”，最后算出有86万元没有追回，起诉书上写了个“尚有86万余元被高尚个人占用”。
相山区人民检察院于2006年3月24日将高尚案件起诉到相山区人民法院，此时距高尚遭检察院批捕已经过去了10个月。
起诉书结论模糊，并没明确高尚的犯罪数额，只笼统地指控了罪名。
“被告人高尚利用工作职务便利，侵占单位资金数额较大，挪用单位资金数额巨大，其行为涉嫌触犯《中华人民共和国刑法》第二百七十一条、第二百七十二条，犯罪事实清楚，证据确实、充分，应以职务侵占罪、挪用资金罪追究其刑事责任。”
此外，起诉书中提出，“高尚用其私下刻制的‘李安祥’印章和环卫处行政公章，在市建行设立职工购房集资款专用账户。”
与高尚同在市容局基建办的职工王毅和尚云鹏均否认了印章为高尚私刻的说法。
王毅告诉中国青年报记者，“‘李安祥’印章是2004年3月，李安祥指示我拿着他的身份证和高尚一起去刻制的。”尚云鹏则表示，“这个章是正大光明出现的，而且在很多地方都用了，已经合法化了。这么大的事情他能不知道吗？”
一审无罪，二审有罪
一审最终开了3次庭，于2006年9月8日作出判决。判决书就高尚的身份、集资款项的定性、私刻印章和转款行为作出说明。
判决书指出，“高尚的身份与其说是市容局的职工，不如说是集资建房这一经济活动中的土地方或土地方的代理人。高尚作为土地方，与集资方市容局是双方平等的民事主体，并不存在隶属关系”以及“444万元是建房款”，以高尚的行为不构成挪用资金罪和职务侵占罪最终判处高尚无罪。
孟宪君和高尚都清楚记得一审法庭的上一个情节，在分别对中国青年报记者的讲述中，他们均提到。孟宪君说：“在庭上有些矛盾的证据，法官问这些矛盾证据怎么排除？我说我不知道。法官问86万怎么来的，我说领导定的。”
法院宣判无罪后，高尚被当庭释放。
法院宣判后，孟宪君松了一口气，“一审判决的抗诉权在市检察院，我们无权提起抗诉。我们当时还说算过了这关了，法院把握得不错”。他没有料到市检察院会要求抗诉。“判决之后第9天，我们的分管检察长叫我过去，说市检察院要抗诉，就剩一天了，你抓紧。”
提起抗诉后，二审开庭。孟宪君首先例行公事将抗诉书念了一遍。审判长齐敦全问是不是有什么新的证据，孟宪君回答没有。齐又问，没有证据你起诉什么，抗诉什么。孟宪君没有讲话。
这次庭审的结果是高尚被改判有罪，淮北市中级人民法院以挪用资金罪的罪名判处高尚有期徒刑三年，缓刑五年。
