张居正在政治上不失为颇有作为的改革家，但贪贿也是不争的事实。南京刑部尚书殷正茂曾贿送他两个金盘，盘中各植高达三尺的珊瑚。据《万历十五年》说，追赃上缴的各种财物约值十万两以上，其子供称还有三十万两寄存各处，抬进宫门的抄没财物达一百一十扛。张居正去世不久，有臣僚上疏抨击：朝中“开门受赂自执政始，而岁岁申馈遗之禁何为哉？”
在赵志皋做首辅时，綦江捕获一个奸人，搜出四份函件以及黄金五百、白金千两与虎豹皮数十张，再三审讯，他才供认去打点内阁票拟。这种贿买内阁，票拟作弊的情况，在崇祯朝更司空见惯。有携带黄金请托某中书舍人去行贿某个内阁大学士，让送贿者弄个副都御史做。这种案例，居然让巡逻士卒人赃俱获，足见其概率之高。
崇祯朝首辅薛国观受贿案，让晚明政斗大爆好戏。御史史范贪污案发，崇祯帝怒褫其职。史某“急携数万金入都”打点，寄放薛家，合谋对策。政敌侦知揭发，史某下狱瘐死。史家门人举证史某“所携赀尽为国观有”，其事坐实，薛国观也被罢相。他出都时辎重累累，再次被举报，“得其招遥通贿状”，最后“法司坐其赃九千”，成为继嘉靖朝首辅夏言之后“辅臣戮死”的第二人。就在薛国观死后数年，明王朝也走到了尽头。
在君主政体下，御史主职就是纠肃贪贿，但在体制性贪腐下，连他们也大索其贿。尽管武宗朝已有御史胡节贿赂宦官刘瑾案，但受贿现象却未见普遍。及至嘉靖末年，御史也卷入贪贿之风，形成猫鼠共眠的局面，致使在肃贪职责上“无闻以赃吏上闻者”。巡按御史黄廷聘过衡山县，知县陈安志不满他托大无礼，一怒之下打开其行箧，暴露“金银诸物甚伙”。事情闹上朝廷，黄廷聘虽受“冠带闲住”的处分，却保住了官籍。御史陈志先按察江西，途中丢失四件行李，为地方官查获，发现“其中皆金宝”，还有受贿簿，记载受贿“不下数万”，也“革职闲住”。隆庆时，淮扬巡盐御史孙以仁“侵匿盐银千余两”，事发，革职审查。殷正茂以右佥都御史巡抚广西，“岁受属吏金万计”。当轴正仰仗他平定僮民起事，首辅高拱竟然声称：拨给他百万金，即便“干没者半，然事可立办”。为了稳定统治，居然放纵贪贿，活脱脱自曝体制性贪腐的本质。
按明代规定，巡抚与按察御史查获赃贿，都贮放州县作为公费。但万历时，都御史李采菲之流却打起了赃银的主意，“预灭其籍”，销毁起赃记录，然后中饱私囊。沈汝梁巡视下江，“赃贿数万”；祝大舟巡按江西，“临行票取多赃”；巡察云南御史苏酇也“贪肆赃盈巨万”。在这些大案中，犯案御史分别遣戍卫所或免为庶民，处分远较嘉靖朝为重，却已难挽御史贪污的狂澜。
