赫鲁晓夫示弱
星期六晚上8点左右，执行委员会制定的战略结束了这场危机。肯尼迪做出回应并接受赫鲁晓夫周五晚上建议，但是不包括星期六早上提出的从土耳其撤出“朱庇特”导弹的建议。
鲍比 肯尼迪在危机期间曾与前苏联举行了几次秘密渠道会议，与多勃雷宁会面并告诉他，除非赫鲁晓夫做出了承诺第二天就拆除导弹，否则美国开始将对古巴采取军事行动。如果前苏联拆除了导弹，“朱庇特”弹道导弹也将被撤离土耳其，尽管对此事不做公开宣布。
“我们可以看到，我们不得不重新迅速调整我们的立场，”赫鲁晓夫说。他知道前苏联这几年已经失去了与美国之间的“战略平衡”。当时，根据麦克纳马拉的说法，美国有5,100件核武器可以投掷在前苏联，但是，前苏联只有300件核武器可以打击美国。赫鲁晓夫担心两国之间的核战争将会把前苏联从地图上抹掉，而美国虽然遭受数以百万计的人员伤亡但仍可生存。
华盛顿时间周日上午9时，赫鲁晓夫在莫斯科广播电台发布消息，他说，他已下令“将你们所描述的‘进攻性’武器拆除、装箱运回前苏联”。导弹危机事实上已经结束了。“相持不下的时候，他们先示弱，”腊斯克说。
卡斯特罗并没有被提前告知这一事件的结果。“父亲决定当木已成舟时再让哈瓦那知道，”谢尔盖 赫鲁晓夫说。一怒之下，卡斯特罗大骂赫鲁晓夫“狗娘养的，……混蛋，……懦夫，”以及其他难听的话。
11月1日，侦察发现导弹已经拆除，导弹基地也被推土机推平。到12月，所有的战略导弹和IL-28轻型轰炸机都不见了。“朱庇特”导弹被悄悄撤出土耳其，搭载“北极星”导弹的潜艇被部署取代了他们的功能。
1963年1月，腊斯克在美国参议院外交关系委员会一个封闭的听证会上关于在古巴现场视察的承诺尚未达成进行作证时说，美国没有考虑其非侵袭承诺，“如果卡斯特罗做这样的事情，从我们的观点来看，这将证明入侵。”
根据总统的个人指示，鲁道夫 安德森因其英勇行为被追授空军十字勋章。这是这种新的勋章被第一次授予，该荣誉仅次荣誉勋章，从来没有被颁发。
根据危机过后的情报分析，当时已经部署在古巴的前苏联军事人员超过40,000人，远远超出美国当时估计的数字。5个SS-4型中程导弹阵地已经投入使用，安装了33组导弹发射器。前苏联运往古巴的核弹头大约20枚，尽管它们中的大多数没有被安装在导弹上。美国采取“隔离”行动时，SS-5型中程导弹仍然在货船上，从来没有达到过古巴。
肯尼迪在危机期间表现出了勇气、坚定立场和娴熟手腕。他非常小心，从不在公开场合自吹自擂，但其他人——包括他在新闻媒体的崇拜者——大都提高了对他的“信用度”。肯尼迪和赫鲁晓夫都运用他们的克制促成了和平的结果。
危机之后不久，前苏联将这次事件公开描绘成一次防止入侵古巴的胜利。《真理报》（Pravda）说，前苏联“冷静而又睿智的”将世界从“核灾难”中拯救出来。
俄国人并没有真的相信它，因为从古巴获得的任何利益也无法和从古巴撤回他们的导弹和部队输掉与美国的对抗相比。
1964年10月，赫鲁晓夫被赶下台，被迫退休。他的下台有各种各样的原因，但在古巴导弹危机中使前苏联遭受屈辱也是重要的原因之一。
