事实上，将导弹部署在古巴可以同时解决几个问题。“除了能够保护古巴，我们的导弹还将发挥西方喜欢宣称的‘实力平衡’作用。”赫鲁晓夫说。苏联拥有大量的中型和中程导弹。从古巴发射中型和中程导弹打击美国的目标，将和他们在前苏联发射场发射洲际导弹一样容易。关键是要在被美国人得到风声并采取了预防措施之前完成部署。
根据充实后的计划，前苏联军队将运送24枚SS-4型中程弹道导弹和16枚SS-5型中程导弹到古巴。从那里，SS-4型中程弹道导弹的射程可以远达位于内布拉斯加州奥马哈（Omaha）战略空军总部，SS-5型中程弹道导弹则可以覆盖整个美国大陆。这次部署还将包括先进的SA-2“导线”地对空导弹、米格-21拦截机以及“伊留申”IL-28轻型轰炸机。
卡斯特罗对于这个想法最初并不感兴趣，之所以同意，是将其作为社会主义阵营团结一致的证明。他也欢迎这次对抗美国的机会。
前苏联火箭部队的负责人谢尔盖 比留佐夫（Sergei Biryuzov）元帅在部署之前访问了古巴，并向赫鲁晓夫保证说，导弹可能会被伪装成椰子树，因为它们同样具有笔直的桶状躯干。“只有弹头将必须被覆盖上树叶，”赫鲁晓夫的儿子谢尔盖说，身为导弹工程师的他对总理说。“直到今天，我无法了解父亲为何相信这种简单的分析。”
赫鲁晓夫做出这个决定的基础是，他认为肯尼迪是软弱的，可以进行武力威胁。他形成这样的印象是基于1961年肯尼迪对“猪湾入侵”行动笨拙的处理，并且在那年夏天的维也纳峰会上，赫鲁晓夫左右了肯尼迪的意愿。那年秋天，肯尼迪在柏林墙（Berlin Wall）对抗方面还摇摆不定。
1961年年底，赫鲁晓夫对一群前苏联官员说，肯尼迪将会做任何事情来防止核战争。“总的来说，肯尼迪既没有强大的背景，也没有这样的勇气应对严峻的挑战，”他说。
肯尼迪总统和他的兄弟以及最亲密的顾问——总检察长罗伯特 肯尼迪（Robert Kennedy）在“猪湾入侵”惨败后并没有对古巴失去兴趣。1961年11月，总统授权“猫鼬计划”（Operation Mongoose）军事行动煽动在古巴起义并推翻卡斯特罗政权。该项目由鲍比 肯尼迪（Bobby Kennedy）和爱德华 G 兰斯（Edward G. Lansdale）监督，浮夸的爱德华 G 兰斯作为负责人，他是美国当局最看重的叛乱专家。
“猫鼬计划”支持破坏、心理战、宣传、游击队渗透、制造谣言以及更多的手段。直到很久以后，人们才得知，这个草率的计划曾使用能爆炸的雪茄暗杀卡斯特罗或使用脱毛剂使他的头发和胡须脱落。
古巴-前苏联对入侵的担忧并非空穴来风。早在1962年，作为“猫鼬计划”的一部分，美军制定了入侵和占领古巴的紧急作战计划。1962年8月，在波多黎各（Puerto Rican）别克斯（Vieques）岛举行了一场以模拟攻击为特色的演习，这场演习模拟推翻卡斯特罗的领导。
