摊牌
10月16日上午8:45，肯尼迪总统接到了通知，这标志着著名的“13天”古巴导弹危机的开始，也被作为“冷战顶峰”——核战争危险达到了顶峰。
10月18日下午，在白宫会议上，苏联外长安德烈 葛罗米柯（Andrei Gromyko）向肯尼迪保证没有进攻性武器被交付给古巴，安德烈 葛罗米柯不像多勃雷宁，他知道导弹部署的细节，而多勃雷宁真的毫不知情。肯尼迪知道葛罗米柯在说谎，但是他并没有指明这一点。
U-2“蛟龙夫人”侦察机的任务次数开始增加，10月20日，中情局得出结论，在4个SS-4型中程导弹发射基地部署了16套导弹发射架，同时发现了两个SS-5型中程导弹发射基地和至少一个核弹头存储掩体正在建设中。
当赫鲁晓夫在撰写他的回忆录时，回顾这几年，他仍然没有忘记自吹自擂。“我们还没有来得及将所有运载的货物交付古巴，但是我们已经安装了足够多的导弹，这些导弹完全有能力摧毁纽约、芝加哥和其他庞大的工业城市，更何况华盛顿这样的小村庄，”他说。然而，赫鲁晓夫对美国的反应和肯尼迪的决心判断失误。
肯尼迪应对危机的指挥机构是国家安全委员会执行委员会（executive committee of the National Security Council）。腊斯克认为鲍比 肯尼迪突出执行委员会的作用是在边缘化国务院。在公众了解导弹危机之前，执行委员会整整使用了一个星期的时间来磋商该问题。
核导弹威胁距离佛罗里达州90英里，这种状况是绝对不能被容忍的。参谋长联席会议建议空中打击，但是当肯尼迪被告知，动用数百架次飞机进行轰炸仅能摧毁90%的导弹时，肯尼迪决定使用“隔离”，这是避免使用“封锁”一词的一种委婉的说法，“封锁”将是一种战争行为。战略空军司令部继续实施机载空中警戒。
10月22日，肯尼迪向全国发表了一次激动人心的演说，他说，前苏联在古巴部署导弹和轰炸机有“明白无误的证据”。他宣布了“隔离”并说，美国将“把从古巴发射的针对西半球国家的任何核导弹视为前苏联对美国的一种攻击，将对前苏联进行全面的报复性响应。”
在历史上第一次，战略空军司令部提高它的警戒态势到2级戒备状态（DEFCON 2），距离核战争一步之遥，北美防空司令部向美国东南部部署拦截飞机和防空导弹。
“我们将进驻佛罗里达州，”大卫 A 伯奇纳尔（David A. Burchinal）将军说，他当时担任空军参谋部计划处处长，“我认为它们能降低战术空中力量的作用——我们进驻佛罗里达州的飞机、炸弹和火箭。”空军和海军的战斗机开始对古巴低空侦察以便和U-2“蛟龙夫人”侦察机的高空监视互为补充。
10月22日，战略空军司令部激活了第一批10枚“民兵”洲际弹道导弹，并使它们保持警戒状态。
赫鲁晓夫有2个SS-4S型中程导弹团，但他马上明白他的计划已经失败。“我们错过了我们的机会，”他后来说。他认为肯尼迪在古巴导弹问题上会让步而不是冒着战争的风险。“以防我们的导弹被过早地发现的计划没有经过深思熟虑，导致了目前的现状，”谢尔盖 赫鲁晓夫说。“现在我们将不得不临时准备。”
