1913年2月15日，在选举大局已定的情况下，宋教仁在各地演讲后抵达上海，而就在5天前，孙中山带着马君武、何天炯、戴季陶等革命党激烈派前往日本访问。对此，应桂馨用密函向赵秉钧报告称此举为“高人深致”，其含义颇有些玄机。究竟“高人深致”是什么意思呢？是什么样的高人给出的什么高招？高在何处？这些应桂馨都没有明白说明。
按常理说，在国民党选举胜利并将组阁的情况下，孙、黄、宋作为国民党高层领导，不管是名义党魁也好，实际领导人也罢，大家似乎都应该在上海碰个头，好好商议下今后的对策，下一步该怎么走，如何协调党内政策和组阁后的人事安排等，这些都是亟待解决的问题，为何孙中山不稍等宋教仁几天，而非要急匆匆的赴日本做并不急迫的访问呢？如果真像应桂馨说的，有“高人”在孙中山背后出主意，那这个人会是谁？会不会是陈其美？他是不是已经有什么图谋而有意让孙中山避开嫌疑？这一切似乎都是谜。
资深革命党人谭人凤曾说，其手下陈犹龙曾与来北京领款的共进会会长应桂馨、副会长张尧卿一起住在中西旅馆，陈得知两人领有中央巨款后，认为此等危险人物直接与政府交涉，必有意外之事发生，回来后即将此事报告谭人凤。谭人凤见到宋教仁后，劝他韬光养晦，注意安全。宋教仁说，戒备之说，之前也有人告知，但这些都是杯弓蛇影，不必多虑。
事实上，宋教仁北上之前，已经感觉到氛围不对的人不止谭人凤一个，《民立报》记者徐血儿在与即将北上的宋教仁告别时，就曾提醒他注意安全，路上恐怕有不测之险。宋教仁笑着回答：无妨，我此行乃为统一全局，调和南北，堂堂正正，何惧之有？国家之事虽有危害，但仍当全力以赴。
宋教仁去世当天，《申报》也报道说，宋教仁北上前已连续接到友人密函，称他在南京时即有人潜随其后，意图行刺，让宋教仁路上谨慎自卫，但宋教仁接信后却说，现在进行的是阳光下的政治竞争，容不下偷偷摸摸、卑鄙残忍的手段，这些只是谣言，不足以信。但不幸的是，谣言竟然成真。
遇刺当晚，宋教仁在火车站上车之前，身边没有一个卫士，国民党方面也没有做任何的防护措施，以至于凶手行刺后竟然从容逃逸，就平时站岗的车站警察，此刻也离奇的不见踪影，一切都显得极为诡异。上海一家英文报纸的编辑也说，“我去过行刺现场，凶手竟能逃之夭夭，使人奇怪”。
值得注意的是，宋教仁遇刺后，辛亥时曾担任其秘书的日本浪人、黑龙会成员北一辉曾自募缉凶队搜寻凶手，在宋教仁的治丧委员会，也只有北一辉和宫崎滔天两个日本友人。后来，北一辉被日本驻上海总领事有吉明以“妨碍治安”为由勒令回国，并限令其三年内不得再入中国。北一辉被遣返的内情虽不得而知，但起因是宋教仁案却是无可置疑的。据北一辉后来所说，宋教仁是因为拟推黎元洪为总统而得罪袁世凯与孙中山，宋之死是袁、孙合谋，而其中主谋又是陈其美，袁、孙还是从犯。由于其锲而不舍的追查“宋案”真相，结果袁、孙为防止事机泄露而强求日本政府勒令其回国。
北一辉的这个说法在逻辑上有些费解与矛盾，但据日本驻上海总领事有吉明向日本外务大臣牧野伸显递送的签呈，其中则有详细说明，当时北一辉自组寻凶缉查队并查知有日本人涉嫌，由于其不断向黄兴及租界警方密报他的查案心得，各方由此不胜其烦；而且，北一辉的查案困扰了当地日本人社会的正常生活，并影响了日本人在当地的形象。由此，领事馆不得不勒令他离境回国并在三年内不得重返中国。
不管怎么说，作为国民党人的重要领袖、而且是即将出任内阁总理的宋教仁，在出行时竟然毫无防护，这与辛亥革命时孙中山所受到的待遇几乎是天壤之别，这无疑是一种悲哀，而悲哀的背后，又意味着什么呢？为什么陈其美能为孙中山派出卫队并加以严密保护，而对宋教仁却如此冷淡、毫不关心呢？
更奇怪的是在“宋案”发生后，孙中山等人的态度发生了急剧转变。在上一年8月，孙中山与袁世凯会面后还极力称赞袁世凯“雄才大略”，是当世无可替代之人，并号召国民党人予以理解与合作，但“宋案”发生后，孙中山立刻中止在日本的访问返回上海，并召集会议讨论“宋案”后的对策。会上，孙中山认为袁世凯已经无可救药，除武力反袁外，别无他途。尽管黄兴等人主张以法律方式解决“宋案”，但孙中山依旧不改初衷，并秘密访问日本驻上海领事以寻求支持。
由于反袁的各方面条件都不具备，国民党在表面上仍保持克制，而在另一边，随着“宋案”的进一步发展和“善后大借款”的剧烈冲突，袁世凯与革命党阵营的冲突日益激烈，最终无可调和。1913年6月，袁世凯先后免除李烈钧、胡汉民、柏文蔚三位国民党籍的都督职位，宋教仁的死亡事件最终引爆了一场新的内战，而此时距辛亥革命仅一年半的时间。
