学术科研的泛政治化严重侵犯了学术自由和学者人格尊严。哈耶克认为，这种对学术的政治控制和侵犯在某种意义上扼杀了自由创造能力的发挥。他说道：“为一定政府或专门化机构所控制的，带有一定指定性或针对性目标的研究，由于失去了选择研究问题的自由，难以产生新知识的主要源泉，而在为拓展知识领域所作的开拓性基础研究中通常并无固定的论题或题域，具有决定性意义的进步通常都是由于否弃传统的学科分工而带来的”，因此，“在知识的普遍进步过程中，具有决定意义的且不可预见的重要成就，一般来讲并不产生于对具体目标的追求之中，而是产生于对各种机会——亦即每个个人所具有的特殊知识、天赋能力、特定环境和社会交际等因素之间的偶然性组合所创造的机会——的把握和运用之中”（哈耶克，1997）。因此，对于学术科研的泛政治化控制，无疑是对学术发展的最大的侵害和荼毒，最后，所谓的学术就只剩下一些歌功颂德的陈词滥调和技术上的抄袭了，真正原创性的、划时代的研究成果就如凤毛麟角——寥寥无几了——尤其在社会科学领域！
（五）大学管理的泛政治化及其恶果。大学管理的泛政治化主体体现在大学的泛行政化上。中国大学管理的泛行政化具体表现为：（1）职位设置的官场化。大学主要领导来源行政化，校长不是在全球进行遴选，而是被教育部等部门进行任命。而且不同的大学校长或书记有着不同的行政级别，甚至各院系的领导也有行政级别，行政级别的分类与官场毫无二致！大学变成官场，科长、处长以官员身份出现在校内，对教师施于行政管理。（2）政治权力的外显化。我国“党委领导下的校长负责制”即是政治权力的外显化。熊丙奇（2008）说：“大学里面所有的决策基本都通过党委常委会以及校长办公会解决......虽然高校里也有'教师会'、'学术委员会'等，但是这些'学术机构'的人员构成，往往由行政领导兼任或指派，他们的活动也是应党委常委会、书记办公会、校长办公会'要求'而进行的，不过是行政活动的延续和修饰。”（3）资源分配的行政主导化。在大学外部，由于缺少捐赠和自主经费来源，中国大学所需的经费、学科资源、硕博士点及其他资源被中央各部委掌握着，不得不与地方一样“跑部钱进”，向各部委卑躬屈膝、低三下四，甚至用颁授博士等头衔去换取官员的支持；在大学内部，让人痛心和发指的是，大学的资源也主要是根据行政级别来配置的。不同的行政级别掌握着不同的权力和资源，级别越高，掌握的权力和资源就越多，如在职称评定、课题申报等重要学术资源的分配中，各级领导都享有“特权”，行政领导往往挤占了有限的学术资源。教授见了校长，就像老百姓见了官长；一个处长的权力和资源也远远高于一个名教授。因此，在大学里，很多教师不是以当不当上名教授为追求，而是以当不当处长、院长等为目标。（4）评奖机制的行政主导化。中国现有的评奖制度主要是政府控制和主导的，各种大课题和奖项多为政府所设，得到这些奖项，意味着你的学术地位受到认可；得不到这些奖项，意味着你被排斥在主流学术圈之外。而且，在很多资质的认定与评审中，如“百千万人才工程”、“青年骨干教师”等评审中，如果你没有所谓的省部级以上的奖项的支撑，即便发表的论文再多、原创性再强、级别再高，也基本没戏。（5）管理的表格化和会议化。国内的高校，一年四季都需要无止无休地填各种表格，什么职称评定表、自我鉴定表、一级学科申报表、社会科学基金申报表、自科基金申报表、优秀教师申请表......等等，多如牛毛，耗时耗神、让人疲于应付。大学中的各种会议也是多如牛毛，什么评审会、中期考核会、就业指导会、院务会、系务会、学术会等等，也挤占了教师的许多研究时间。（6）学生自治机构的行政化。学生会本来是学生的自治组织，但在今日之中国，也被行政化了，事实上成了一个行政组织的延伸机构，基本缺乏自治功能。其他的各种组织也基本如此。
大学管理的泛政治化带来了多种恶劣影响。一是致使大学无法自治，不得不成为政治的附庸。中国大学所需要的一切资源几乎都来自于政府，这就导致大学缺乏应有的骨气和尊严，只能成为政治的附属地。二是导致大学教师尊严的沦丧。大学内部各种权力分别从不同的侧面诱惑着、干预着甚至是侵犯着教师的学术自由权和言论自由权，并最终使得教学和科研不得不成为行政权力和利益的奴隶。三是严重挤占了教师的生产性和创新性活动时间。各种评比、表格和会议耗时耗力，使得教师不能安心静气、聚精会神于科学研究和教学中。四是导致学生的功利化。学生会的非自治、学校行政主导资源的恶性示范效应、权力的淫威等都在有形无形中导致学生走向功利化。五是导致资源的无效配置。被权力主导的资源配置不仅会导致大量寻租腐败行为，也会导致大量的租金耗散，使得大学资源不能配置到最有创造力的教师手上，而是被各种行政官僚所掌控。
