纵向改革
值得一提的是，CCVI中国价值指数首席研究员崔新生认为，在进行横向拆并改革的同时，更应该深化纵向改革。“因为铁路总公司是个庞大的机构，如果要对其进行深入有效的改革，更应该对其权力职能方面进行拆分。光对区域部门进行拆分是远远不够的。”
在崔新生看来，纵向分层的改革很有必要，因为只有对铁总的行政职能和社会职能进行剥离，才能有效地步入市场化。
蔡建明对记者表示，此次整改若是成功，将会给铁路带来组织、部门、利益的重新分配。但在过渡时期，铁路总公司预计仍将存在，以协调各方利益并推进旗下铁路局的整合。按此种思路，未来铁路总公司将拆分成多个区域铁路集团，不同区域铁路集团之间形成竞争关系。
对于铁总整改何时能够成功，蔡建明认为，我国铁路系统市场化改革是一个大方向，也是长期的过程，并不能一蹴而就。“短期而言，确保‘十二五’铁路投资建设目标的实现是关键，这其中确保资金来源的稳定与安全十分重要，也极为迫切。”
蔡建明认为，铁路系统引入竞争机制是改革的深水区，会得到较大的阻力，同时也并不紧迫。因此铁路总公司的全面整改，迅速形成多个区域铁路集团并形成竞争关系短期内难以形成。
