黎元洪在政治上有孙中山等人支持。驻沪海军宣布独立，也给了段祺瑞较大压力。段祺瑞最终妥协，同意恢复临时约法和国会。段祺瑞被黎元洪任命为国务总理，组织内阁，由此开始了两人的合作期。
据黎元洪的长子黎绍基记载，黎元洪的总统地位是在段祺瑞的许可之下取得的：“据后来张国淦对我说，段祺瑞曾召集幕僚整整开了一夜会，商讨要不要让副总统黎元洪继任总统，段祺瑞手里拿着毛笔，想不出好主意，最后把笔向地上一甩说：‘好吧，去接他来吧！’”(《父亲黎元洪在辛亥革命前后》，《武汉文史资料》2008年第10期)由此可见黎元洪在政坛上的弱势地位。
但黎元洪自有其政治优势。天津社会科学院出版社总编辑、《段祺瑞》的作者周俊旗向南都记者分析：“反对段祺瑞的人，包括不是嫡系的，或与段有矛盾的，都会支持黎元洪，让黎元洪作为反段的力量，这是国内的势力。国外的势力，则利用中国政治人物的微妙关系来达到自己的目的，比较典型的就是参加‘一战’之争。在中外势力的支持下，黎元洪开始变得强硬。”
权力制衡中的府院之争
黎元洪和段祺瑞共同执政后的交恶，是载入中学历史课本的“府院之争”。段祺瑞的许多公文，均由国务院秘书长徐树铮代拆代行。这位“小徐”专横跋扈。黎原先拒绝任命“小徐”的秘书长职务，经徐世昌劝说才签字。随后的某一天，徐树铮到公府去办理任命福建的三个厅长，黎问这三位是什么人？徐不耐烦地回答：“总统不必多问，请快点盖印，我的事情很忙。”其嚣张无礼如此。黎对着段、徐这一主一从，其为政之难，可以想象了。
“府院之争”夹杂着派系之争和政策之争。派系之争主要是前期复杂的人事纠葛。政策之争是对德宣战问题。在美日插手下，府院之争达到白热化。
1917年后，在美国支持下，黎元洪反对对德宣战，实际是担心军方势力的增强，而军权是黎氏的“短板”。段祺瑞在日本支持下，积极主张参战，认为参战能使中国提高国际政治地位，并且不用承担实际风险。“如果没有他主战，中国有‘战胜国’一说吗？但中国没出一兵一卒。”段祺瑞的孙子段昌建告诉记者(编者按：这种说法有些偏颇。中国为欧洲战场输出了十几万华工，为协约国取胜作出了重要贡献。段氏用日款编练的参战军，后改名边防军，成为皖系的一支劲旅)。
参战争论的各个阶段都充满了火药味。段祺瑞采取激烈措施，迫使黎元洪勉强同意对德断交。在第二步的宣战问题上，段祺瑞寻求军队支持，调动各省督军进京。在督军和阁员的压力下，黎元洪在宣战案上盖了印。
当时，按照程序，宣战案要国会通过、总统盖印，方才生效。但对德宣战案在国会遇到了大麻烦。段祺瑞手下干将傅良佐，在众议院讨论参战案时，组织无业游民组成所谓“公民团”，骚扰甚至殴打议员，想以这一招给议员施加压力。但这一招弄巧成拙，舆论纷纷谴责，致使内阁要员辞职，出现了内阁只剩段祺瑞一人的“奇观”。接着，段祺瑞与日本的秘密交易披露，舆论哗然。而此前，段祺瑞还在国会作出了中日间没有秘密外交的证词。形势已经使段祺瑞被动。当段祺瑞要求解散国会的呈文送到黎元洪手上时，这位窝火的大总统发出了“不怕死、不盖印、不违法”的“三不宣言”。几天后，府院之争达到了顶点：黎元洪将段祺瑞免职。
正如段祺瑞低估了黎元洪一样，黎元洪也低估了段祺瑞。不几天，黎元洪面对的是各省督军的“独立”，以及“研究系”议员的离去，段祺瑞的政治号召力可见一斑。在危机面前，黎元洪请来梳着长辫子的张勋“调停国事”，但帝制死党张勋却重新拥戴废帝溥仪登基。
在得悉张勋复辟计划的当晚，在周遭人都束手无策的情况下，黎元洪情绪非常激动：“愤时局之纷纠全系自己不德所致，拟一死以谢国人”(转引自程国安著《黎元洪传》，第252页)。在对待帝制的问题上，两人又处于同一“战线”。张勋复辟前，曾试探段祺瑞的口气，得到的回答是：“你如复辟，我一定打你。”(《北洋军阀史料选辑》，第212页)
击败一场复辟闹剧，段祺瑞马厂誓师，重获国务总理职务，外加一个“三造共和”的美誉。赶走张勋后，心灰意冷的黎元洪通电辞职，段祺瑞随后如愿“参战”，府院之争结束。这是黎元洪和段祺瑞的最后一次共事。之后，两人都曾重执政权，但再无交集。
