但是国大代表的选举过程却又开始出现波折。先是由于中日关系紧张，华北地区的国大代表迟迟未能选出，继而在同年12月12日，“西安事变”爆发，国民大会再次延期。1937年2月20日，国民党五届三中全会议决，定于本年11月12日召开国民大会，但还没等到会议召开，“七七事变”爆发，中日全面开战，国民大会遂成泡影。
如果将国民大会堂的命运归结为生不逢时，总被中日关系干扰也并不公平。“独裁者(Dictator)”，1936年1月24日的《时代》周刊用这一专用名词称呼其封面人物之一——蒋介石，这个称呼是恰如其分的——作为这个国家实际权力的操控者，蒋介石从来就没有想让这个国民大会堂发挥过作用。《剑桥中华民国史》也评价说，“只注意国民党政府的结构，或者比如说，只注意行政院和立法院的表面关系，将是错误的。因为无论蒋介石在党、政、军中拥有何种政治职位，他都对整个政体行使最高权力。”
从这个意义上讲，晚清政权与蒋介石对待限制其权力的民意机关的惟一的不同点只在于，一个没能完成大厦，而一个建造了大厦。
十年之变
国民大会堂真正召开它的第一次会议，是在1946年。此时距离大会堂完工已经过去了整整十年。当年11月15日国大正式召开，1381名代表出席会议，这些代表绝大多数都是十年前选举的旧代表，再聚首已是万千沧桑。
但这第一届国大会议从一开始就带有悲剧色彩。1946年初，政治协商会议决定当年召开国民代表大会，制定新宪法。为确保国大的公平民主，中共和民盟提出国大代表应进行适当调整。经各方协商，决定原选举的一千二百名代表继续有效，取消当然代表及指定代表，增加台湾、东北收复区代表一百五十名，各党派及社会贤达代表七百名，总计二千零五十名。鉴于十年来情况的变化，各党派代表经分配后，由各党派自行提出，计国民党二百二十名，共产党一百九十名，民盟一百二十名，青年党一百名，社会贤达七十名。按照政协决议，国民大会必须在内战停止、政府改组、训政结束、宪草修正完成后，始能召开。
但历史并没有给国民大会堂以和平开幕的机会。不久国共内战全面爆发，国民党在军队占领张家口的当日，正式下令于1946年11月12日召开国民大会，中共和民盟则断然拒绝参加。而在此会议上通过的《中华民国宪法》，当然也就未能被这两个党派所承认。
如果说国民大会堂的第一次会议带有悲剧色彩的话，那么它的第二次会议，就完全成为了一出闹剧。
1948年3月29日，国民党“行宪国大”在国民大会堂召开。会议主题中心议题是选举“总统”、“副总统”。此时国民党内部早已是矛盾重重，各派系展开了激烈的明争暗斗。会前，天津一个“民选”代表，甚至抬着棺材到国民大会堂门口，声称“不进会场就进棺材”。
1935年出生在南京的黄肖耆，父亲当年是“国民大会交通组干事”。他依然记得有一天，父亲提前从大会堂下班，腋下夹着一个纸卷。展开来看，原来是一副“国大代表”爱新觉罗 溥儒的草书，上面写着几个大字“山雨欲来风满楼”。
