喀什的英国总领事馆主楼
新疆开始大清洗运动
1939年下半年，杜重远发现盛世才对他不怀好意，便以生病为由提出辞呈，盛世才立刻同意并把他软禁起来。1940年2月，萨空了因调解盛世才和杜重远的矛盾无效，怕自身难保，便借口离开新疆。为了营救杜重远，他在临行前给周恩来写了一封信，并把这封信留给毛泽民，请他等周恩来回国时转交。据说周恩来回国路过新疆时，曾与盛世才交涉，要杜重远与他同机返回关内，盛推托说：“等下次飞机送他返回关内。”同年5月，茅盾和张仲实看到形势不妙，也以母亲病重为由，请假返回内地。在此期间，盛世才又炮制“阿山案”、“回案”、“崔荣昌案”、“六星社案”等一系列案件。
1940年6月22日，中共驻新疆办事处主任陈潭秋向延安汇报工作时写道：“新疆政治危机日前严重，督办在民族问题上，将蒙、哈、柯族代表全部扣留，并将其中一部分逮捕。不久前，又逮捕哈族领袖沙里福汗。今年二月间，阿山哈族因拒绝而发生暴动，盛世才派军队和飞机去镇压，屠杀了数百人。逮捕了维族三领袖。弄得社会不安，人人自危。”此外，盛世才还多次发布公告，“号召公务员及民众互相监督和检举敌控奸细，托匪……，并允许直接向他告密。”（《新民主主义革命时期中国共产党在新疆斗争纪事》第52页）
1940年9月，盛世才曾派毛泽民审理杜重远案。杜在法庭上慷慨陈词：“我决非托派，硬说我是托派，此系最大痛苦者也，比受酷刑还苦。”第二年5月，盛世才以“汉奸”“托派”和“阴谋暴动”等罪名将杜重远正式逮捕，受其牵连，赵丹一、王为一、徐韬以及包括财政厅长、边务处长、新疆一大批高级官员纷纷被捕，总数在1200人左右。
1941年冬，盛世才密电苏联当局，说《新疆日报》社社长王宝乾是“陈培生阴谋案”的幕后策划者，其目的是推翻新疆的现政府。此为，他要求立即逮捕王宝乾，或将其调回苏联处置。1942年3月，盛世才的四弟、曾任新疆督办公署卫队团团长和机械化旅旅长的盛世骐在家里中弹身亡，盛世才认为是盛世骐的妻子陈秀英和苏联军事顾问合谋杀害了他的四弟，并因此发动政变。于是他将陈秀英投入监狱，严刑拷打，逼她承认自己的罪行。事后，盛世才写信向斯大林绘声绘色地汇报了这一案件，其中除了阴谋暴动外就是不正当男女关系。当然，也有人说是盛世才杀害了他的四弟，原因是盛世琪与他和政见略有不同。事情发生以后，陈潭秋向延安和莫斯科汇报说：“盛世骐成为盛世才反苏反共阴谋的牺牲者。”苏联当局得知此事后，认为这是盛世才为了投靠蒋介石所做的准备。为此，斯大林派外交部副部长德卡诺佐夫携带莫洛托夫的信来到迪化，试图阻止盛世才继续行动。两人见面后，德卡诺佐夫对盛世才说：“你是联共党员，要永远信仰马克思主义，不能动摇。”但是盛世才对他说：“这是绝对不可能的事情了。……作为三民主义的忠实拥护者，我要在新疆建立民主统治。”