迪化军校的骑兵学员
盛世才离开新疆
1942年7月，蒋介石派第八战区司令长官的朱绍良、行政院秘书长兼经济部长翁文灏、空军总指挥毛邦初等人飞抵达迪化。经过谈判，盛世才答应中央政府的下列要求：1、严防苏联在新疆各地发动骚乱事件；2、由内地抽调军队来新疆加强防务；3、在新疆成立国民党党部；4、中共人员一律停止在各机关工作，并集中起来停候发落；5、中央政府派人接收新疆航空委员会；6、由外交部派人接管新疆外交办事处。
一个月以后，宋美龄亲自飞抵新疆，代表蒋介石任命盛世才为新疆边防督办，同时兼任新疆省政府主席、国民党中央监察委员、国民党新疆省党部主任委员、第八战区副司令长官等职务。1942年10月，盛世才向苏联当局递交一份备忘录，要求苏联政府在三个月内必须撤走包括军事人员在内的所有非外交人员。随后，盛世才将中共在新疆的人员集中起来，由陈潭秋领导进行整风学习。不久，任弼时指示陈潭秋说，莫斯科同意把他们转送苏联，但是陈潭秋认为：“我们过境大成问题，我们将处于东归不得，西去不能的危险境地。”
1943年年初，盛世才将软禁的陈潭秋、毛泽民、孟一鸣、潘同、刘希平、徐梦秋、林路基、马殊等人分别投入监狱。随后，重庆派内政部次长王德溥率人专程来到迪化，以“特派新疆审判团”的名义对他们进行审判。6月5日，陈潭秋、毛泽民、林路基以“危害民国罪”被判处死刑。9月27日，这三个人和陈秀英等人被秘密处决，并呈报重庆验证。在此期间，王还对杜重远案进行复审。随后盛世才用毒药剥夺了杜的生命，并把他秘密埋葬在督办公署的东花园附近。
1944年8月，国民政府明令撤销新疆边防督办公署，任命吴忠信为新疆省政府主席，调盛世才为返回重庆，担任农林部部长。至此，盛世才结束了他对新疆的十余年的统治。