进入90年代之后，随着市场化改革的深入，政企分离成为必然趋势，公司日渐走向独立。此时，“窗口公司”的债务，实际上已失去了国家财政收入的担保。但作为过渡手段，地方政府仍存在违规或违法开具担保、承诺或“安慰函”的情况。以至于一些外国金融机构将上述“担保”视作政府信用或主权信用。在放贷时，并没有对借款企业或项目进行严格评估或审核。
在广国投破产之前，中国已有“中银信”、“中农信”和“中创”等三家信托投资公司倒闭，但此三家公司所拖欠的外债均有政府出面进行偿还。因此，“窗口信用”并未随这些公司一并破产，反倒被进一步强化了。
“当时有种错误的想法，即海外银行借给中国国有企业的钱，认为这钱是由政府担保的；而企业也认为，向政府借的钱或由政府担保的钱就可以不还。当时规则不明确，所以借和贷双方都有责任。”卢瑞华说。
及至亚洲金融危机爆发，加之自身的管理不善，广国投陷入了外债支付危机。其资产总额为214.71亿元，负债361.65亿元，资产负债率高达168.23%，严重资不抵债。而另一家“窗口公司”—粤海集团的情况也不容乐观，经毕马威会计师事务所审计，粤海资不抵债91.2亿港元。
王岐山在广东面临的最大考验，就是广国投和粤海的巨额债务。两家“窗口公司”的债务，不仅远超其自身资产总额，亦在广东省政府的支付能力之外，其中广国投的债务相当于广东省政府财政收入的30%。更何况当时面临债务支付危机的窗口企业，远不止广国投和粤海两家。曾有学者估计，当时中国企业在香港的国际债务总额，可能超过800亿美元，相当于亚洲金融危机期间中国外汇储备的60%。
对于王岐山而言，重新立规矩的时候到了：“由政府，特别是各级地方政府充当负债主体和投资主体、由政府在投融资过程中扮演主角的时代，在相当的市场领域必须结束了……以地方政府为背景的‘窗口公司’融资模式，必须从体制和游戏规则上改弦更张”。
经过深思熟虑，广东省政府作出了广国投破产和粤海重组的决定。这个决定让国际债权人大感意外，他们原指望中国政府会为广国投和粤海全额偿付所有外债。
由于债务规模巨大，牵涉到130多家境外债权人，其中包括一些当时国际知名的金融机构。若处置失当，中国企业的国际信用将受损，负面影响极其深远。
面对这一局面，一方面，王岐山采取强硬手段，向外界传递了坚定的信息，即“中国政府对广国投破产的处理完全符合国际通行的做法，中国政府不该也不会替广国投还债”。另一方面，也积极向债权人解释广国投的信用不等同于主权信用，其“政府背景已被稀释，接近于零”。
1999年，广国投正式进入破产程序，这是1949年以来，第一次非银行金融机构破产案。境内外共有近500名债权人申报债权。此案历时4年，最终破产清偿率为12.51%。通过广国投的破产，王岐山以具体案例，对国有企业改革提供了重要的经验，即国有企业独立经营，政府不再对企业债务负责。
而对于粤海集团，王岐山则采取了重组的策略。据其本人所述，原因就在于“粤海是境外集团公司，涉及五家上市公司，我们要考虑香港市场的稳定”，并且，粤海资不抵债的程度要小于广国投。
经过与境外债权人漫长的讨价还价，2000年12月，粤海公司的巨额债务实现重组。平均削债率达42.78%，重组后的资产负债比例为67%，与之前相比已有明显改善。因此，这一重组项目也被《国际金融评论》评为2001年“亚洲最佳重组交易”。
在亚洲金融危机中，广国投和粤海案只是广东所面临挑战的一部分。当时，广东省的金融机构普遍面临支付危机，在一些地区，还出现了挤兑现象。
1999年11月，“广东省地方中小金融机构和农金会金融风险处置工作协调小组”成立，王岐山担任组长。为了解决金融机构的遗留问题，广东省向中央银行借款380亿元，在一年时间内，对数以千计的中小金融机构，实施了停业整顿。
卢瑞华回忆时说道：“当时向中央借钱是一个非常果断的措施，当时朱镕基总理是支持的。时任广东常务副省长是王岐山，他是银行家，他懂得这一规则，他提出来向中央借钱，我赞成。”
2000年至2001年，广东省税收增加700亿元，中央的借款提前还清了。
