蒋介石阻止调查，扬子公司的案子办不下去，其他事情自然也难于推动。10月16日，蒋经国在《反省录》中承认：“扬子公司的案子，未能彻底处理，因为限于法令，不能严办，引起外界的误会。同时自从此事发生之后，所有的工作，都不能如意的推动了，抵抗的力量亦甚大。”蒋介石下令阻止监察院调查的当日，蒋经国约吴国桢、宣铁吾等讨论目前经济问题，“可以说没有一个是支持政府政策的”。蒋经国在日记中自称：“今日在精神上受到极严重的压迫，未安睡。”
此后的一段时期内，蒋经国既感到行政院方面的动摇，也感到自己的话越来越没有人听。10月27日日记云：“在前半个月我的话是不会打折扣的，而现在则不如前了。”
经济问题只能用经济办法解决。国民党用高压手段“限价”，严禁物价上涨，这就逼得上海和各地商界用“拒售”的办法来对付，从而形成更大的经济危机和社会危机。10月24日，蒋介石和行政院院长翁文灏长时间讨论经济问题，日记云：“情形日非，商铺空室藏货，人民排队挤购，尤以粮食缺乏为可虑耳！”同日，蒋经国早起到理发店理发，听到的都是“排队买不到东西”这许多话。这种“买不到东西”的情况不仅严重影响到上海南京的市民生活，甚至也影响到了蒋介石。10月31日是蒋介石的62岁生日，蒋纬国夫妇和蒋介石的侄女蒋华秀夫妇前来祝寿，蒋介石居然办不出一席稍微像样的饭菜来，日记云：“晚课后纬儿及华秀等夫妻来祝寿，聚餐便饭，以买不到食物也。”连为蒋介石服务的侍从们都不能为蒋买到食物，市场上物资匮乏情况可想而知。
10月28日，蒋经国到南京参加经济管制会议，“大家都主张让步”。会议决定粮食可以自由买卖，工资可以调整，百物都可以照成本定价。11月1日，行政院宣布取消限价，粮食按市价交易，自由运销，纱布、煤、糖、盐，由中央主管机关核本定价，统筹调节。蒋经国原来主张坚决守住“八一九”的限价防线，至此彻底崩溃。当日，蒋经国发表《告上海人民书》，承认自己未能尽责完成任务，在若干地方，增加了人民的痛苦，应向政府自请处分。11月6日，正式发布消息，辞去督导员职务。从即日起，蒋经国可以不再到中央银行办公。他到督导员办公室走了一圈，“心中实有无限的感慨，几欲流泪”。此后，他情绪消极，借酒浇愁，一边喝酒，一边焚烧文件，甚至连印好的请柬也在焚烧之列，贾亦斌问故，蒋答：“亡国了，还请什么客？”
蒋经国以铁腕手段控制物价，在一段时期内有效，并且得到一般平民百姓的拥护，但是，一旦“限价”令取消，物价立即如断线风筝，扶摇直上，平民百姓受到更大的痛苦。11月8日，蒋介石日记云：“自限价取消，经国辞去管制督导员后，上海物价已日渐实涨四五倍。”蒋介石派蒋经国到上海，本意在解决经济危机，不料却陷入更大的危机中。
11月15日，上海经济督导员办公室发表声明：
关于扬子建业公司囤货事件，兹已将该案调查处理经过，连同警局检查报告及该公司囤货一并呈报行政院，督导处并规定该公司所囤工业原料及日用必需品由主管机关按照限价配给各厂家、商号，已转饬市府及主管当局办理。
这份声明无异提前宣告，孔令侃和扬子公司无罪。
七 监察院公布对扬子公司的《纠举书》
尽管蒋介石阻止监察院对扬子公司进行调查，但是，他当时还不拥有“一句顶一万句”的绝对权力，因此，熊在渭、金越光的调查一直在持续进行。孔令侃方面，由于有姨丈蒋介石和姨母宋美龄的撑腰，有恃无恐，拒不交出货物进出总账、分户账及结汇等重要账册，与熊、金二人接谈过一次后即避不见面，仅由财务处副处长出面敷衍，声称“公司创设未久，账项不全，且全盘账目清查颇为繁复，未便交出”。同时，上海市政府等有关方面也不能积极配合。尽管如此，熊、金两位监察委员仍然完成调查，写出长达1.2万字的《纠举书》。
《纠举书》提出：扬子公司囤有西药、颜料、化妆品、玻璃质日用品等，共三四千箱；另有与扬子公司关系密切之利 所存新小汽车75辆、卡车10辆。以现货从低估计，约合金圆券二千万元以上，折合法币六十万亿元，约合其第二年注册资本的6万倍，“要非该公司总经理孔令侃具有特殊权势，巧取豪夺，谁能相信？”
《纠举书》列举扬子公司1947年以来的营业额，计算该公司应向国家交纳的巨大税款数字，指出该公司实际所交，仅及千分之五六，特种营业税只交了金圆券132元4角7分。“其中与税务机关有无勾结，固不可知，然该公司仗势逃税，则实为明显”。
《纠举书》还提出：该公司存货，大多为民国三十五年、三十六年购进，迄今尚未抛售应市，其中食糖、煤油，均在一年以上，“自难谓为非囤积居奇之行为”。又指出：在这些存货中，属于禁止进口或暂时禁止进口者达二十余种，“其破坏法令，图谋私利，殆无疑义”。
