东北战局逐渐转向有利于中共。林彪实行“关门打狗”方针，先围锦州，企图卡断东北国民党军退往关内的通道。由于锦州危急，蒋介石于9月30日自南京飞北平。10月2日，自北平飞沈阳，召开军事会议，决定由廖耀湘指挥西进兵团，与自葫芦岛北上的东进兵团汇合，增援锦州。10月3日，蒋介石自北平致电上海市长吴国桢，请其转致已到上海的宋美龄，告以“兄已由沈阳返平，约数日后回京”，可见，当时蒋介石原无自北平直飞上海的计划。此后，蒋介石逛颐和园，参观卢沟桥，听谭富英的戏，好整以暇，显得并不十分紧迫。10月5日，蒋介石和傅作义同赴天津，至塘沽，登上重庆号军舰，至葫芦岛视察，部署、指挥。10月7日，返回塘沽，重回北平。10月8日上午，蒋介石先后与侯镜如、陈铁、傅作义等将领研究东北作战计划，但是，当日下午，蒋介石却突然乘“中美号”专机，飞抵上海，住进东平路官邸。
蒋介石突然飞抵上海，是蒋经国、孔令侃之间矛盾激化的结果。
据贾亦斌回忆，宋美龄到上海后，即乘中秋节之机召见蒋经国、孔令侃，企图调解这两个表兄弟之间的矛盾，蒋要孔“顾全大局”，孔则大吼：“什么！你把我的公司都查封了，还要我顾全大局！”两人大吵起来。蒋经国临走时表示：“我蒋某一定依法办事！”孔则回答：“你不要逼人太甚，狗急了也要跳墙！假如你要搞我的扬子公司，我就把一切都掀出来，向新闻界公布我们两家包括宋家在美国的财产。”当即气得宋美龄面色煞白，手脚发抖，急忙打电话给在北平的蒋介石，说是上海出了大事，要蒋介石火速乘飞机南下。
蒋介石到上海后，当夜与宋美龄“月下谈心”。同晚见到上海出版的《大众夜报》，其第一版报道为《扬子囤货案，监委进行彻查，必要时并将传讯孔令侃》。
该报称：监察院为彻查该案真相，特派监委两人来沪。该报并配发一篇社评：《请蒋督导为政府立信，为人民请命》，中云：
轰动一时的沪上豪门大囤积案似有烟消云散之势，方在人民心中栽下了的对政府的一点“信仰”之幼芽，恐将因此而连根拔去，同时亦可能给当前的经管工作以致命的打击，瞻望前途，不胜忧惶。
总理当初所梦想不到的，在革命的阵营中，竟有若干人因缘际会，形成了所谓“豪门资本家”……在国内藉其政治上特殊的关系，经营一切戕贼民生之买卖，如攫取大量外汇以输入口红、尼龙丝袜等奢侈品，获取暴利；囤积操纵，掀动经济风潮；从事投机，扰乱金融等等，不一而足，从不见将其资本投向生产事业，做一丝一毫有益于国家人民之事。而政府一切经济上的政策措施，往往被若辈略施小技，便已破坏无余。
人所共知，其中最著名者为孔氏豪门，此次公司孔令侃大囤积案，不过是许多事件中被发现的一件。
政府究竟是要豪门呢？还是要人民？将此处决定。
社评表示：“吾人盼望蒋先生贯彻'法律面前，人人平等'的主张'大义灭亲'，毫无顾忌的对孔令侃大囤积案迅予彻查，铁面无私，惩以应得之罪。”《大众夜报》原名《大英夜报》，创刊于1946年8月，其后台是当时担任上海警备司令的宣铁吾。宣铁吾和蒋经国关系密切，支持蒋经国实行“经济管制”，报纸上的报道和社评，很可能反映蒋经国的态度。
蒋介石读了《大众夜报》的两篇文章后，非常生气，不过当晚还无法发作。
蒋介石到上海的时候，蒋经国正在无锡参加十一个县的经济管制会议，受到群众的包围欢呼。在参观工厂的时候，工人伫立桥头静候，见到蒋经国经过，再次以欢呼送行。蒋经国见到此情此景，“内心十分难受，而且惭愧，眼泪亦想流出来。”当晚9时，蒋经国离锡，12时到达上海。第二天5点30分，天色破晓，蒋经国就急不可耐地拜见蒋介石。其日记称：“清晨拜见父亲，报告上海情况。目前有许多问题，尚未解决，但亦不忍报告。盖不愿烦父之心也。”蒋介石的日记则记载说：“经儿自锡来见，在美亭中叙谈，听取其上海经济管制经过之报告。经济本为复杂难理之事，而上海之难，更为全国一切万恶鬼诈荟萃之地，其处理不易，可想而知。”二人的日记都没有记载双方讨论孔令侃和扬子公司的情况，显然是一种有意的省略。
蒋介石会见蒋经国之后，先后接见薛岳、宣铁吾、吴国桢、吴开先等人，所谈均为有关沪市“经济管制”事项。接见情况，上海报纸的报道一片祥和，不见半丝风雨，说是“总统先后接见吴国桢、蒋经国、宣铁吾、吴开先、方治、薛岳、俞鸿钧等，对于本市物价及最近经管工作进展状况，垂询颇详，并面谕必须稳定物价，安定民生。”但是，当日蒋介石日记所记却完全相反：“对于孔令侃问题，反动派更借题发挥，强令为难，必欲陷其于罪，否则即谓经〈国〉之包蔽，尤以宣铁吾机关报专事攻讦为甚。余声斥其妄，令其自动停刊。”“声斥其妄”云云，虽仅四字，但不难想见当时蒋介石怒火中烧，严厉斥责的状况。
宣铁吾，浙江诸暨人，黄埔军校第一期的毕业生。在军校时就被蒋介石选为贴身侍卫，因忠诚和才干，被提升为办公室侍卫长。抗战期间任浙江省保安副司令，并因蒋经国力荐，兼任三青团浙江省筹备主任。抗战胜利后，被蒋介石亲自提名，出任上海市警察局局长，接着兼任淞沪警备司令。他积极支持蒋经国，曾亲自下令逮捕杜月笙的管家万墨林，又曾带队抓捕杜维屏。对于这样一个忠心耿耿，和蒋氏父子都有长远而深厚关系的人，蒋介石一时激愤，居然将之归入“反动派”之列，显然不当。
值得注意的是，蒋经国、宣铁吾等辞出后，宋美龄却于当日上午10时亲自驾车将孔令侃带进官邸，引见蒋介石。据报道：“夫人御黑色旗袍，孔御灰色西装，神态怡然。”这无异在向上海各界示威了。
10月12日，《大众夜报》发表《紧急启事》，声称：“本报为改变组织，整理内部，自本月13日起，暂行停刊，敬希亲爱读者，赐以鉴谅。”一直到10月20日，该报才得以复刊，整整停办了一个星期。
《正言报》最早报道扬子公司被查消息，但是，其后并未发表相关激烈言论。9月30日，地下共产党员王孝和因领导杨树浦发电厂工人运动，被国民党当局杀害，《正言报》发表消息，指责国民党“特刑庭乱杀人！王孝和口眼不闭，一路喊冤。”第二天，在吴绍澍指示下，又发表社论《不要再制造第二个王孝和了》。10月13日，国民党举行“宣传会报”，蒋介石日记云：“对《正言报》吴绍澍等不法言行，气愤不堪，暴怒峻斥，事后自觉无谓，而且吴本人并不在座，轻忽狂言，不惟伤神，且亦自鄙人格。”
大概蒋介石的脾气发得太大，言词过于粗鲁，所以蒋介石自觉不当。但是，有关当局还是下令《正言报》停刊。不过，其主因是该报对王孝和事件所发言论，而扬子公司案则可能只是次因。两因并发，所以惩处分外严厉。前此相关著作将其与《大众夜报》视为同受扬子公司案件之殃，显然失之于简单。
