五 蒋介石阻止监察院调查
扬子公司案件发生后，在南京的监察院迅速注意到此案，决议派员调查。院长于右任将这一任务指派给了监察委员熊在渭与金越光。二人于10月7日抵沪，自12日起，先后访问上海市政府、上海市经济督导员办公处、上海警察局、社会局等处，会见蒋经国，并且询问了孔令侃本人。
10月18日，蒋介石自北平致电上海市长吴国桢云：
关于扬子公司事，闻监察委员要将其开办以来业务全部检查，中以为依法而论，殊不合理，以该公司为商营而非政府机关，该院不应对商营事业无理取闹。如果属实，可嘱令侃聘请律师进行法律解决，先详讨其监察委员此举是否合法，是否有权，一面由律师正式宣告其不法行动，拒绝其检查。并以此意约经国切商，勿使任何商民无辜受屈也。中正手启。
按照1946年通过的《中华民国宪法》，监察院的主要职责在于防范政府机构与官员贪赃枉法，侵害人民权益。蒋介石此电，以保护“商民”和“商营事业”为盾牌，批评监察院超出其职责范围，理由似乎并无不当。然而，孔令侃并非一般商民，而是权贵子弟，扬子公司也并非一般商业机构，而是权贵资本，在当时为社会所指，民怨所归，理应加以处理；而且，即使是普通的商民和商业机构，违反国法，即使不是监察院，其他相应机构也完全可以查究，转交司法机关处理。蒋介石派蒋经国到上海，不就是要他来调查并处理各类经济问题或案件的吗？蒋介石此电，对于如何处理孔令侃及扬子公司，无一语涉及，相反，却严厉批评监察院“对商营事业无理取闹”，要吴国桢转嘱孔令侃“聘请律师进行法律解决”，实际上是在鼓励孔令侃抗拒调查。
扬子公司的囤积物资履行过“登记”，不好随意逮捕，但是封存、查核，以便判明其罪或非罪，不仅是可以的，而且是应该的、必需的，蒋介石反对、制止监察委员的调查，而又不下令其他机构调查，其包庇行为就十分明显了。
10月20日，吴国桢复电蒋介石云：
查此案前系由督导员办事处径饬警局办理，奉钧座电后，经与经国兄洽定三项办法：(一)警局即日通知监察委员，检查该公司业务全部超越警局只能根据违反取缔日用品囤积居奇条例之职权，警局前派会同查勘人员即日撤回；(二)该公司可以无当地行政人员在场为理由，拒绝查账，不必正面与该委员等发生争执；(三)监察委员熊在渭与天翼先生关系极深，职定访天翼先生，请其转达不作超越法律范围之检查。是否有当，敬请示遵。
从此电可以看出，吴国桢收到蒋介石10月18日的电报后，和蒋经国商量后定出三项办法，其中最重要的一项便是以超越职权为理由，撤出警察局“会同查勘人员”，同时指示扬子建业公司“拒绝查账”，并企图利用熊式辉（天翼）和熊在渭的“极深”关系，劝熊在渭“不作超越法律范围之检查”。根据这三项办法，徇私、包庇尽在其中，而又一切合法，没有丝毫破绽。
次日，蒋介石复电云：“号电悉，可照来电之意进行，如至不得已时，仍应照中前电办理。”可见，蒋介石批准了三项办法，而将自己18日电所述作为最终办法。
关于蒋、吴之间为扬子建业公司案往来通电情况，后来吴国桢回忆说：
过了两星期，什么也没发生，蒋经国无能为力。此后我突然接到蒋介石从北平发来的电报，电报里说他已下令应由我处理此案。我回电说，从一开始我就向阁下说明过，我对此事不负责任，而且所有其他的案件也是别人处理的，我认为此案不应由我处理。三天后蒋夫人给我来长途电话，说委员长正在打另一份电报，命我直接处理此案，因此我最好还是照办。
此回忆的特殊价值在于，它提供了宋美龄介入孔令侃案的直接证据。
11月4日，蒋经国将孔令侃的囤积清单交给蒋介石，蒋介石阅后，很生气，日记云：“本日经国报告，孔令侃囤积居奇，见其货单，痛愤之至，故今日情绪更觉抑郁矣。”然而，蒋介石也仅止于“痛愤”而已。
扬子公司案激起了监察委员们对宋子文、孔祥熙家族的声讨热情，蒋介石本来认为，中国国情和西方不同，“未至民主程度而硬行民主”，只能“自讨苦痛”。早在10月16日，他就在日记中批评立法院、监察院的委员们不守纪律，和党，和政府，包括他这个“领袖”矛盾、对立，日记说：
数月以来，战事不利，经济拮据，外交艰窘，因之立法、监察各院之党员更形无法无天，不仅事事违反纪律，与中央党政处处立于反对地位，而且一人一党，每一党员皆欲自作领导，自有主张，直接领袖，而其对领袖意旨与命令阳奉阴违，口是心非，并对余之言论吹毛求疵，恶意曲解，不但丧失领袖威信在所不顾，而且无形中间接协助共匪，以摧毁党政，亦所不恤，几乎令余无所措手足。
10月23日，立法院举行时局谈话会，有立委激烈地批判政府，发言说：“人事破坏法统，贪污无法惩办。如宋子文套购外汇，扬子公司的囤积嫌疑，至今也莫奈何。其次，例如豪门问题，至今没有办法。试问现在政府的权贵哪个不是豪门？哪个不是老虎？号称打虎的蒋经国，又有什么办法！”该立委责问当时的翁文灏内阁：“是否能将政情澄清，否则请他下台！”
立法委员的情绪如此，监察委员的情绪自然更不在其下。10月24日，蒋介石日记云：“尤以监察委员对宋、孔之攻讦，纠缠诬蔑，不顾大局，为匪作伥，此种卑劣无智之民意机构，更令人悲痛灰心也。”其实，民国时代的立法院大体上相当于西方的议会，监察院更是孙中山设计的具有中国特色的机构，其制衡、质询、批评甚至抨击政府的各级机构和成员乃是职责所在，蒋介石不能容忍其监督，不仅说明他对这种民主方式不习惯，也在某种程度上显示出，尽管他有时候虽然高唱“民主”，而其实有类于叶公好龙。不过，应该指出的是，他还有一定的度量，没有对这些放言高论者采取惩罚措施，报纸上也还可以将他们的言论登出来。
