对于维吾尔族同胞们在经济、文化发展方面所遇到的困难和问题，不同的群体提供了不同的解释。一些维吾尔民众认为问题的根源在于外来人群、特别是外来的汉人对于工作机会、市场和资源的抢夺。很自然地，他们也迁怒于允许这种抢夺发生的政府。一些汉族民众和官员则强调某些维吾尔人的懒惰和不思进取，而一部分恨铁不成钢的维吾尔族官员和学者也附和这种观点。一种更为合理的解释是，维吾尔人所面临的挑战源于计划经济向市场经济的转变以及随之而来的激剧的社会变迁。在旧的计划经济体系中，维吾尔族民众不需要与汉人直接竞争，他们只要接受政府的安排就行了，但在更加自由、开放的新体制中，他们却要直接与汉人竞争，而在这场竞争中他们并不占有多少优势。他们在这两种体制中遇到了两种不同的汉人。计划经济体制中的汉人大多是官方系统的人员，受政府的严格控制，接受过有关民族政策的教育，到新疆的目的是为了开发和保卫边疆并且帮助少数民族。而新的市场经济体系中的汉人则大多不受政府的直接管制，不曾受过民族政策方面的教育并因此更容易表现出大汉族主义的思想和行为，他们人数更多，而他们到边疆的主要目的就是挣钱。他们不但没有帮助少数民族的义务，而且为了挣钱有时难免要伤害少数民族。这群“新汉人”令维吾尔人和其他一些边疆民族深感惶惧。他们虽然在一定程度上促进了边疆地区的经济发展，但这种发展的速度、模式和结果往往并不符合当地少数民族同胞的愿望和利益。
要找出新疆民族问题的真正根源
“一位曾经访问过越南和新疆的海外华人学者曾与我分享过他的感受。他说他在南疆的时候，虽然心里很清楚他是在中国的领土上，但常常却觉得自己是在国外；而在越南时，虽然心里明白自己是在外国，却常常感觉像是在中国。”
要解决新疆的问题，使得新疆在高压措施撤除之后仍然能够保持宁静，并把暂时的宁静转化为永久的和平，最主要的一点，就是要找出新疆民族问题的真正根源，并且采取措施逐步消除动乱之源。同时要把极少数极端分子和绝大多数一般维吾尔民众区分开来并予以区别对待。极端分子再危险，如果得不到绝大多数维吾尔民众的支持，就不会有前途，而要争取和保持维吾尔民众对统一国家的信任和支持，政府和社会就必须尽力消除民族之间的分歧并认真对待维吾尔民众的合理抱怨。
因为极端势力常常打着宗教的旗号进行动员和号召，一些人便把宗教、文化方面的差别看做民族冲突的根源，并主张采取文化同化政策来一劳永逸地解决民族问题。一位曾经访问过越南和新疆的海外华人学者曾与我分享过他的感受。他说他在南疆的时候，虽然心里很清楚他是在中国的领土上，但常常却觉得自己是在国外；而在越南时，虽然心里明白自己是在外国，却常常感觉像是在中国。造成这种感觉错乱的原因就是维、汉之间的文化差异，特别是宗教信仰方面的差别。当我那天中午时分在英吉沙县城花了近两个小时都找不到一家封斋期间仍然开业的维族餐馆时，我差不多要赞同我这位朋友的评判了。但宗教和文化的差别并不是民族冲突的必然原因。中国信仰伊斯兰教的少数民族超过10个，可是只有南疆维族地区有比较严重的民族问题，说明宗教本身不是问题的根源。应该受到限制的不是伊斯兰教，而是对伊斯兰教的歪曲和利用。汉、维两种文化传统之间需要更多的交流和沟通，但蓄意的文化同化政策不但不会消除现有的民族矛盾，反而会加剧民族冲突。
另一些学者则把南疆和西藏的问题归罪于民族区域自治制度，主张废除民族自治区。民族区域自治虽然间接地强化了少数民族的民族意识，但并不是西藏和新疆民族问题的主要根源。同样实行民族区域自治的广西、宁夏和内蒙古就没有民族关系方面的严重问题。另外，民族自治区其实并没有太多的自治权利，与内地的省并没有根本的不同，因此，不论是保持或取消民族自治区都不会对现状产生重大影响。还有人要求取消少数民族所享受的某些照顾，认为这类照顾也会强化民族意识。但世界上许多国家都有类似的照顾政策，而在中国这类政策也是面向所有少数民族，而非只是出问题的几个民族。因此，这类照顾政策不是造成民族问题的根本原因，取消照顾也不可能解决民族问题。
南疆民族问题的真正根源在于下列六点：一是这里直到清末才在政治上融入中国。这种融入并非完全是主动的。这里的主体民族还保留着对融入中国前的那段历史的回忆，其中有些人还没有想清楚是不是一定要做中国人；二是融入中国之后南疆的人口结构没有发生根本变化，维吾尔人依然构成南疆人口的大多数。这本来不是问题，但当这些人口中有相当一部分怀有不满情绪时就成了问题。人口聚集使部分当地居民容易产生地方民族主义情绪。有些维吾尔人常常把南疆甚至整个新疆看做是维吾尔人的故地和家园，而把其他民族看做外来者，并且常常把自己所遇到的困难归罪于这些外来者；三是南疆经济上的贫穷和落后以及维吾尔族与汉族在经济发展和经济收入方面的差距。这使得一些人看不到前途，并且因此对国家、政府和其他民族产生怨恨；四是教育方面，特别是语言教育和技能教育方面的失败。这使得许多维吾尔人不能与其他民族进行有效的交流，并且在与其他民族的竞争中处于不利地位，加剧了一些人的挫折感；五是社会上依然存在的民族歧视。这加重了维吾尔人在就业和社会适应等方面的困难；六是外来影响，特别是西方世界和穆斯林世界的影响。这几个因素综合作用的结果就是相当一部分维吾尔人怀有不满情绪，其中一部分人并不完全认同中国这个国家，而极少数人甚至为了分离主义或其他极端思想而不惜诉诸暴力。
