另一方面，国家安全机构是一类很特殊的机构，这些机构的活动，常常躲在机密之幕的后面，虽然对国家的安全极其重要，但是，外部却难以充分知情，难以有效监督。即使在一个非常成熟的民主国家，国家安全机构的透明度也远远不如其他部门。所以，国家安全机构的权力，如果运用不当，反而会威胁到公民个人的自由、削弱民主制度、危害国家安全。
在民主政治下，个人的自由是最大的国家利益，个人的自由是否安全也是最大最高的国家安全。因此，在民主政治下，国家安全机构的存在必须服从于保护个人的自由与权利。对国家安全部门的各个机构进行有效监督与制衡，事关重大。既然不能以国家安全的名义侵害个人自由，就必须对政府的权力尤其是国家安全机构的权力进行更强有力的监督与制衡。而监督国家安全机构的难处在于，国家安全部门的活动需要保密，而监督制衡则需要公开。机密是情报机关的标签，是情报活动成功的关键；机密也常常成为国家安全部门避开监督的理由和借口。
民主政治下对国家安全系统应该如何监管？我认为，这种监管首先要循着法治的途径，把国家安全部门的设立、运转、活动和监督纳入到宪法和法律构成的法律框架内进行。以美国为例，美国是世界上第一个通过制定法律、依法设置国家安全体制、成立国家安全机关的国家。联邦级的安全机构都是经国会授权依专门的法律设立的，法律也对相关机构的设置与职能做出明确规定。根据《2004年情报改革与防止恐怖主义法》的规定，美国的国家安全系统由十多个机构构成，其中最知名的有：中央情报局、联邦调查局、国土安全部、国家安全局等等。
其次是分工合作、分权制衡。国家安全系统必须分立，不能让某一个机构大权独揽。以美国为例，国家安全的职能被分立到若干个国家安全机构，让它们既互相分工又互相分权，分权制衡。权力越分散，腐败越困难，监控也越容易。这次斯诺登案所涉及的美国国家安全局，主要负责侦听与对通讯的监控。它与中央情报局和联邦调查局之间有着明确的分工。
第三，对国家安全机关的活动必须进行立体的监控。在民主国家，国家安全部门必须接受行政、立法与司法机关的全方位监督，必须接受问责。在美国，对国家安全机构的监督和制约就是立体的、全方位的。1975年，联邦参议院成立丘奇委员会，对国家安全局、联邦调查局、中央情报局进行监督，该委员会还促成了《阳光政府法案》、《外国情报监控法案》等一系列立法。此后丘奇委员会演变为常设的参议院情报委员会，与众议院情报委员会联手，对整个国家安全机构进行日常的和持续的监督。
