其次，各部队之间缺乏协同，职责不清。俄军一直未能解决隶属于不同军种的各参战部队之间，以及军队与联邦安全总局（FSB）、内务部所属部队和边防部队之间的指挥、控制和协同问题。即便俄军在第一次车臣战争中就暴露出在协同领域的许多问题，但它在第二次车臣战争中仍然受到类似问题的困扰。有中方学者指出，这些问题的根源在于俄军的体制编制。例如，俄军于1994年3月组建了由北高加索军区和内务部部队共同组成的联合军团，并且计划在第一次车臣战争中由该军团实施统一指挥。然而在这次战争开始后，俄军参战部队拒绝接受内务部指挥员的指挥。
俄罗斯于1998年通过的《反恐法案》试图划分军队与内务部所属部队的责任区。由此，在第二次车臣战争开始时是由俄军实施作战行动，随后由内务部所属部队清理车臣武装残余势力并恢复该地区的安全秩序。但在2001年1月，俄罗斯联邦安全总局接管了车臣事务。2003年，车臣相关事务的管理权转交内务部所属部队。与此同时，FSB也向车臣地区派出了处理相关事务的官员。指挥权在上述部门和机构之间的不停转换导致了不必要的障碍和混乱，无法对COIN行动的成功发挥积极作用。
再次，体制编制存在缺陷。两次车臣战争中，俄军都未能组建专门应对山地和丛林作战的特种部队，而是将普通步兵、坦克和炮兵部队投入非对称作战。俄军重型武器装备需要条件较好的公路和桥梁，因此补给和维持难度较大，无法与灵活机动的车臣武装进行有效对抗。更糟糕的是，俄军绝大多数参战部队使用的还是上世纪70年代的通信设备，而他们的对手配备国外提供的高性能通信设备。2000年春，俄军第76空降师的一个连在车臣被叛军包围并激战三昼夜，最终由于无法与外界联络而全军覆没。
最后，缺乏训练，纪律松弛。中国军方研究员注意到以下问题，即在两次车臣战争中，俄军在进攻行动中都采用常规和固定队形。俄军不同军种的一些军官采用的协同方式与二战期间相似。俄军各个层次的军官都缺乏与COIN行动相关的知识和培训。在面对车臣小规模叛军采用的“打了就跑”的战术时，俄军未能有效适应形势。
除此之外，俄军参战部队（尤其是内务部所属部队以及特种部队）出现严重的纪律问题，如抢劫、强奸、走私油料、出售武器弹药、贩卖人口甚至叛变等。据克里姆林宫一位官员提供的信息显示，1999年8月至2000年12月，涉及军人的犯罪案件高达748起。这些纪律问题不仅削弱了俄军的战斗力，而且损害了俄军与当地民众之间的关系。
COIN行动对解放军的启示
基于上述教训和问题，解放军学者引用俄军事专家作出的结论，即国防部、内务部所属部队、联邦安全总局和边防部队必须加强联合作战能力和相互协同；必须有选择和有限度地使用重型武器系统，以免造成平民伤亡；重点发展高技术武器装备；在COIN行动中主要应当部署营级和连级部队；有必要组建山地部队等。
俄军在作战行动中暴露出的上述问题折射出俄罗斯当时政治形势的变化。由于俄罗斯经济实力大幅度削弱，导致俄军缺乏足够的武器装备采购、训练和人员生活保障所需经费。
