在这场清除帝国主义文化干涉与影响的运动当中，有着严密教规约束，直接受命于梵蒂冈的天主教团体，明显地要较各自为政的基督教团体顽固得多。然而，由于战争的关系，美国在华传教士的反革命威胁更为突出。因此，这场斗争的重心明显地更侧重于清除美国在华残存势力和影响，许多美国传教士被控从事间谍活动，或从事反革命煽动活动，受到拘捕或驱逐。如1951年1月以后各报陆续披露的各种外国传教士、神甫及主教的反革命案件，几乎全部都是美籍神职人员。像平原省的米甘，湖南省的高尔飞、翁明德，广东省的福尔德，湖北的牧育才、郭时济、徐贲德、苏良，广西的其履根，江西的费济时等，都是美籍。只有天津的文贵宾和满世济是法籍和荷籍。（参见《新湖南报》1951年1月24日、4月3日；《平原日报》1951年2月23日；《新华日报》1951年5月29日，7月12日；《长江日报》1951年6月13，22日；《天津日报》1951年6月24日；《湖北日报》1951年7月19日；《苏北日报》1951年8月12日；《东北日报》1951年8月15-16,21日；《光明日报》1951年8月18日，等等。）
因为这种情况，也因为基督教团体在中国各种派别甚多，和国外教会联系的情况差别甚大，因此，基督教徒响应吴耀宗等人的《三自宣言》，也就明显地容易得多。到1953年底，参加签名的基督教徒，已达到了40万人之多，大约占到了全国基督教徒总数的2/3。（《三年来全国基督教工作基本总结和今后工作的方针任务的意见》，1953年12月4日），陕西省档案馆藏，档案号123-3-305。因为中国人民志愿军赴朝作战，与美国全面对抗，再加上抗美援朝运动在国内形成了强大的政治动员的社会压力，和从事反华活动的外国传教士的相继被驱逐，新政权一举达成了阻断美国通过宗教组织渠道继续在中国发挥影响力的既定目标。
二、接办美国津贴的学校
与针对美国宗教渗透的斗争相比，关于新中国成立以后与美国争夺对大中学生的思想影响问题，则多少遭遇了一些麻烦。
根据刘少奇1949年7月4日给斯大林的报告：“仅仅英、美两国，在中国设立的专门学校与大学校就有卅一所，神学院卅二所，图书馆廿九所，文化团体廿六个，中学校三百廿四所，小学校二千三百六十四所。”（《建国以来刘少奇文稿》第1册，第12页。）因直接由美国方面的资金支持和赞助的学校数量众多，在中国各类学校总数中所占比例较大。据1950年6月1日《马叙伦部长在第一全国高等教育会议上的开幕词》中说：当时全国共有高等学校我227所，其中教会设立的学校24所，约占总数的10%。（参见《中华人民共和国重要教育文献》，海南出版社，2000年，第25页。）因此，学生乃至教授职员中对美国等资本主义国家抱以好感者自然人数众多。由这些学校培养出来的毕业生，每年大量地进入到社会当中去，包括就职于政府机关和各类学校，他们也就不可避免地会把“亲美”、“崇美”、“恐美”的思想情绪散布到四面八方。和较多地在宗教信仰的范围传播思想和进行活动的基督教、天主教教徒比较起来，这些学生和教职员在社会中的影响范围显得更要广泛得多。新政府必须尽可能快地缩小美国在这方面的影响。
但是，和解决西方宗教影响问题一样，新中国成立之初，因所面对的问题异常繁杂，一时也只能牵就，根据轻重缓急，对学校工作则采取循序渐进的策略。新政权在各类有着外国背景的学校当中所采取的初始做法：一是发展进步势力；一是强化政治思想教育。但这两方面的工作，都受到了相当大的挑战。
在发展进步势力的问题上，新政权依据以往在国民党统治区内开展学生工作的经验，借助于政权和舆论宣传的力量，对所有教会学校和直接受到教会资助的大中专学校，都大力进行了党团组织的建设，并以党团组织，特别是以青年团组织为中心，通过各种方式联络靠近政府的同学，在学生中发展进步势力。这一工作一度取得了相当明显的成果。以上海沪江大学为例，到1950年初，全校学生958人中，就已发展党员27人，团员178人，进步学生占到全校学生的1/3，信教学生仅为273人，占全校学生的24.7%，即还不到1/3。
