然而，在美苏冷战的背景下，基督教的相对开放，特别是中国相当一部分基督教团体一直依赖于美国教会的资助和指导，从而在实际上受到美国教会的控制；苏联方面又对美国人在中国的活动和影响高度关注，因此一些地区的基督教活动很快就引起了中共中央的高度警觉。1949年11月17日，李克农曾告诉苏联大使罗申说，华北一些基督教传教士和宗教人士的活动很令人怀疑。中国的基督教过去主要活动在城市中，而今却经常有很多农村里的中国人来到城里参加基督教会所组织的礼拜和祈祷。（参见《苏联驻华大使罗申关于李克农谈话的备忘录》，1949年11月17日）。一些省市领导也表现出了类似的担心，他们提出：“某些宗教活动的范围，已经超过了宣传宗教的限度，对我们的工作发生了相当的影响。”（参见《上海市委宣传部关于搜集有关宗教活动的材料的通知》，1950年5月18日，上海市档案馆藏，档案号A22-2-4~11）。
随着类似的情况日渐增多，中共中央对两教的担心明显地变得越来越严重。1950年3月21日，中共中央统战部部长李维汉在全国统战工作会议上明确提出：基督教和天主教团体，必须从政治上和经济上与帝国主义割断联系，实行“三自”，即“自治”、“自养”、“自传”《李维汉选集》，人民出版社，1987年，第221页。至于原因，周恩来随后表示：“各地基督教天主教中有混进帝国主义的间谍，加上帝国主义国际背景”。要避免让人怀疑，就不能允许外国人在中国传教、办教。“中国教应由中国人办。”（《周恩来在第一次全国统战工作会议的第二次报告》，1950年4月13日，陕西省档案馆藏，档案号123-8-1）。
在中共的推动下，7月28日，吴耀宗等人联名发出了《中国基督教在新中国建设中努力的途径》（即《三自宣言》），号召全国基督教徒一致切断与帝国主义国家的关系，以爱国主义精神，实行自治、自养、自传。（罗冠宗主编《中国基督教三自爱国运动文选（1950-1992）》，中国基督教三自爱国运动委员会，1993年，第16~17页。）中共中央随即发出《关于天主教、基督教问题的指示》，第一次把天主教和基督教与帝国主义文化侵略，以至帝国主义间谍活动直接挂起钩来，提出：“我国的天主教、基督教，一方面是宗教问题，另一方面在长时期中又被帝国主义用为对我国进行文化侵略的工具，其一部分组织又被帝国主义用为进行间谍活动的机关。”鉴于两教具有相当的群众性，我们不能靠行政命令的办法简单取缔，而应以爱国主义的宣传，通过揭露帝国主义文化侵略与间谍活动的阴谋，领导和支持其中的爱国分子，推动两教自身的革新运动，把两教变为中国人自己办的宗教事业。（《中央关于天主教、基督教问题的指示》，1950年8月19日，上海市档案馆藏，档案号B22-2-1-1~3，并见《中华人民共和国重要教育文献》，海南出版社，2000年，第53页。）同年11月，四川广元天主教发表《自立革新宣言》，在此前后，上海天主教人士也提出中国天主教应由中国教徒自办。
由于顾虑到数百万教徒的态度，中共中央这时对于实现两教彻底切断与美国等国联系的时间表，尚无严格的限定。毛泽东和周恩来都明确主张：“此事不宜太急，太硬性”，以免“造成对立”。“要把美帝国主义的残余势力从中国完全肃清，还需要三四年的时间。”（参见《建国以来毛泽东文稿》第1册，中央文献出版社，1987年，第497页；《周恩来年谱（1949-1976）》上卷，中央文献出版社，1998年，第109~110页。）但是，9月23日《人民日报》在头版全文刊载了吴耀宗等人的《三自宣言》后不久，中国就被迫出兵朝鲜，与美国作战，这一情况不可避免地冲击了中共此前的斗争策略。
1950年12月，美国政府公开宣布冻结中国在美国国内的财产，并宣布将对中国实施经济封锁。28日，中国中央人民政府政务院也公开作出回应，宣布管制美国在华一切财产、冻结美国在华公私存款，并通过了文教委员会主任郭沫若所作的《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的报告》。该报告要求一切接受美国津贴的文化、教育、救济乃至宗教机关和团体，均须立即切断与美国等国的联系，改由政府接办或由中国人自办（《建国以来重要文献选编》第1册，中央文献出版社，1992年，第510~515页）。上海市政府以减免房地产税等经济措施，支持和帮助上海教会人士开展“三自”革新。
抗美援朝运动极大地支持了中共所进行的爱国主义的宣传鼓动工作，因而也使得发动针对外国传教士的血泪控诉活动和驱逐以宗教为掩护从事反华活动的外国神职人员的行动，迅速成为一种潮流。据不完全统计，截止到1953年12月，全国先后有134个城市召开了针对“帝国主义分子和反革命败类”的大规模的控诉会169次，至于各地小规模的控诉会则不计其数（《三年来全国基督教工作基本总结和今后工作的方针任务的意见》，1953年12月4日，陕西省档案馆藏，档案号123-3-305）。
