马英九在“总统府”接受亚洲周刊总编辑邱立本（中）与资深特派员童清峰专访（图：林瑞庆）
马英九强调：“其实我上任时，并未刻意回避政治性的议题，例如在我上任第二年时，两岸即签订《两岸共同打击犯罪及司法互助协议》，司法与打击犯罪都是公权力最明显的象征，可是双方都没有回避，现在与大陆谈互设机构也是如此。”这也使两岸公权力粉碎了台湾的电话诈欺集团，阻止了他们在大陆打电话回台湾进行电话诈欺的罪行。
2013年6月国民党荣誉主席吴伯雄在“吴习会”使用一个中国架构定位两岸关系，一般的解读是台湾将以一中架构取代行之有年的九二共识。但马英九重申：“‘九二共识’是两岸关系发展最重要的基础，迄今都未改变，因为‘九二共识’的内涵即是双方以口头方式表达一个中国的原则，我们一直遵守当初的协议，没有改变。”
至于外界相当关注的两岸和平协议，在马英九吸纳绿营主张，由公投决定。这几乎就注定在他任期不可能推动，理由很简单，台湾公投通过的门槛极高，被称为“鸟笼公投”，除非修改公投法。和平协议是马英九连任总统时率先抛出的议题，最先得到民意高度响应，但在绿营以公投的“神主牌”回应时，一些民众开始疑虑，马因应的策略就是拿民进党的主张当挡箭牌来化解。
对于中国大陆国防部长常万全首度抛出以调整军事部署交换美方停止对台军售，马英九显得一派乐观。他认为，这牵涉到美方的亚太布局，他坚信美会信守对台的“六项保证”。
当问到历史定位问题，马英九强调自己不仅在两岸直航、对美免签证等问题上迭有突破，在各方批评最多的内政部分，他也自认推动很多改革，包括中央、地方政府改造、退休制度、能源政策等，“我相信将来都可以被证明是正确的，这才是最重要留给台湾的一些建设”。
马英九最后与亚洲周刊总编辑邱立本回忆起当年他们一起保钓的岁月时强调：“我并没有失去当初的理想。”以下是访谈纪要（有删节）：
APEC2014年将在北京举行，主观上你有没有意愿参加呢？
主观上当然有意愿，台湾成为APEC的成员时，他们的设计上已经想到这些敏感的问题，APEC不称高峰会，而称经济体的领袖会议，参加的不称国家，头衔也不称总统、元首，而称领袖。
其实APEC在成立时就已经为这种可能性预作考量了。因为APEC不可能排除台湾，台湾是亚太重要的经济体。如果走APEC路线，为什么会有这么多人这样想呢？因为理所当然，在国际人多的场合，不是专门与大陆接触，双方的压力都会小，称呼都是领导人，所以很多事情都可以顺便进行。事实上，台湾和许多国家的领袖在那边见面，也是透过APEC场合，也不过三、四天，会开完就开完了，并没有任何其他复杂的状况。因此，我当然愿意去。不管APEC在哪里，如果能去，我都愿意去。
