在高桥看来，“靖国问题”需要具体分解为若干子问题来解释：“感情的问题”（靖国神社试图把战死的悲哀有意地转换为祭祀的福祉，它不是追悼，而是表彰的装置）；“历史认识的问题”（即使实现甲级战犯牌位分祀，也不过是与中韩两国短暂的政治妥协，围绕靖国神社的历史认识必须超越战争责任，作为殖民地主义的问题加以处理）；“宗教的问题”（首相参拜靖国神社违背了日本“政教分离”的宪法原则，靖国神社对日本国家神道的确立影响重大，如今实现“靖国神社非宗教化”几乎是不可能的，而争论中的“特殊法人化”则有可能重新复活“神社非宗教”的危险逻辑）；“文化的问题”（“首相参拜靖国神社视为属于日本传统文化”的解释是过于勉强而不可成立的。靖国神社与死者的关系是特殊关系，因为它排除了战争中敌人的死者以及本国平民的死者，而通过“国家意志”刻意选择了阵亡的军人和军属。这个不是文化传统，而是政治选择）；“国立追悼设施的问题”（由国家另设追悼死者的设施的做法有造成“第二个靖国”的风险，而该问题的关键在于日本政府如何看待和处理战争与和平之间的关系）。
在该书的结论部分，高桥阐述了他对于解决“靖国问题”的一些设想：第一，彻底实施政教分离，在名义与实际双层意义上废止作为“国家机关”的靖国神社，并割断国家与神社之间的连结，包括终止首相与天皇的参拜；第二，靖国神社是宗教法人，保障其信教的自由是理所当然的，但神社必须认真应对并照顾国内外幸存者撤回合祀的要求。靖国神社不能因信教自由而侵害幸存者以各自的方式进行追悼的权利。在此基础上，高桥认为还需要做到两点:一是对于美化日本近代以来对外战争的历史观，应该通过自由的讨论来加以克服；二是为了防止“第二个靖国”的出现，日本务必沿着宪法第九条“不战誓言”的方向不断努力。
《靖国问题》出版之际，中国大城市正发生着反日游行，日本人对中国的好感严重下降。在此背景下，该书在日本引起了较大的反响，被舆论定位“左派”的高桥哲哉也受到了众多批评，甚至被称为是“卖国”。2007年，这本颇有争议的书被介绍到中国。
自2006年小泉纯一郎卸任以来，无论是自民党还是民主党的首相都没有在首相任上参拜过靖国神社。小泉的继任者安倍晋三虽然在出任首相前参拜过靖国神社，但上台后考虑到尽快改善日中关系的需要（来自工商界的压力尤其大），最终选择了不参拜靖国神社，并还实现了对华“破冰之旅”。可见，日中关系对首相是否参拜靖国神社的抉择有一定的约束力。
