此前，菲律宾在5月13日举行大选，阿奎诺三世也回到户籍地投票，投票后，现场记者问台湾要求在72小时之内道歉一事，阿奎诺三世首度表态，他简单回应说，双方冷静以对，并称这次争端应该摆在“一中政策”下解决。但对于台湾方面要求的道歉，他只字未提。之后，他则返回首都马尼拉于总统府召开“机密会议”，整个过程不对外公开。
1975年6月9日，菲律宾与中国大陆建交后即与台湾“断交”，奉行“一个中国政策”。从外交层面讲，台湾不是与菲处于同一地位，因此菲总统府不愿直接回应马英九的最后通牒。这也可解释2010年8名香港游客死亡的马尼拉惨案，阿奎诺三世不肯与香港特首通话，因为香港是中国的特区，外交不对等。
曾任菲律宾前总统埃斯特拉达顾问的陈国仁指出，阿奎诺三世既然抛出了“一个中国”，在此框架，要叫阿奎诺三世或菲外交部正式向台道歉似不可能，这将是个“死结”，菲台还要拉锯多时。他认为，菲律宾对这次台湾渔民遭菲律宾公务船枪击死亡事件不重视，除了正值中期选举，长久以来因与台湾没有正式“外交”关系，轻视台湾也是一个原因。刚卸任菲华商联总会理事长的华商庄前进透露，事件发生后已向菲政府高层说明事件的严重性，也建议当局直接向台湾道歉，可能当局忙于选举疏略了此事。
枪击案发生际值菲律宾要进行中期选举，菲律宾媒体没有任何报道。大部分转载法新社的通稿，各大媒体评论员也未触及这课题，倒是网民热议跟帖，对菲官方关于此事的诸多说辞表示质疑，批评菲海岸警卫队枪杀渔民立下恶劣先例。
有网民表示，即便台湾渔船有意冲撞菲方公务船，也难以对菲方人员构成威胁；即便构成威胁，也不会造成生命威胁。“道个歉为什么这么难？”说句“我们对这起意外事件表示道歉，我们会查出责任人员”又怎样？毕竟，“在联合国或任何法庭，都没有法律会准许枪杀手无寸铁的渔民”。有的网民认为，不该在重叠经济区域内开枪，应该更加克制。
不过，大部分网民还是力挺菲政府的立场：事件发生在菲律宾领海，防卫队是在执行制止非法捕鱼。有的网民愤愤不平，指责台湾和中国大陆一样，都想以“制裁”的手段迫使菲律宾“低头”，对台湾要用经济手段制裁菲律宾，如停止引进菲劳工、抵制菲货或赴菲观光或采用军事手段报复，许多网民也给予反击，认为台湾更需要有技术的菲律宾劳工与看护，并称在台菲律宾劳工工作环境很差，工资被剥削。
面对台湾将给予制裁的警告，包括冻结菲劳赴台申请，菲律宾劳工部长发出书面声明回应称，如果遭到台湾制裁，菲方已经备妥应变方案，考虑把外劳转为输出到中东以及韩国等地。
近年来阿奎诺三世当局配合美国重返亚洲政策，自愿充当马前卒，不断挑衅中国，利用美国的支持镇住国内反对力量，巩固政权。发生惨案地点是菲律宾所声索的经济专属区领海，菲方坚持防卫队是在执行制止非法捕鱼，捍卫主权，美国的支持被认为是菲律宾强硬的原因之一。台湾渔民被枪击事件发生之后，美国国务院的表态敦促菲台双方保持克制。菲台同是美国的盟友，美国自然不希望双方闹翻，大打出手，影响到其亚太的布局。菲律宾态度突然变软，同意向台道歉，相信背后脱离不了美国的因素。
菲著名政论家AlexMagno指出，自70年代菲中建交，菲遵守“一个中国”政策，切除与台的正式外交关系，与台商谈领土主权是一个“棘手”的外交问题。无可否认，领土主权现在更为复杂，对菲律宾方面有更多压力，现在只寄望外事部门妥善处理。
不过，菲律宾对到巴士海峡捕鱼的台湾渔船一点也不客气，过去发生多起扣押、袭击台湾渔船事件。台菲两地隔着巴士海峡，相距不过240海里，存在“重叠经济海域”。台湾渔船到这个海域进行捕鱼作业，时常要面临被菲律宾公务船攻击的危险。2006年1月，台东籍渔船“满春亿号”曾遭菲律宾海岸警队开枪射击，船长陈安老不幸中弹身亡。
台渔民曾多次被扣
台渔民在巴士海峡捕鱼时遭遇菲方扣押多数以“罚钱”了事。台湾当局为要保持与菲律宾的实质关系，始终对菲方强硬不起来，无所作为，事件经常不了了之。菲律宾海岸警队食髓知味，始终认为台湾可欺。知情者指出，菲律宾海岸警队横行霸道已久，中菲黄岩岛争端后，中国大陆实际控制黄岩岛，大陆渔船在海舰船护航下，菲律宾海岸警队再也不像过去那样通过“扣押”发财，这次碰到台船有可能藉此发泄不满，特别是阿奎诺三世与大陆“夺岛”寸土不让，正好有政府的背书，不致受罚。
也有分析称，事件发生可能有美国因素。惨案发生后美国并未谴责菲律宾，并促菲台双方克制。过去菲海岸警卫队以拘捕两岸渔船进行敲诈大发其财。黄岩岛被中国实际控制后，大陆公务船护渔，菲海岸警卫队再也无法鱼肉大陆渔民。分析指出，台湾“外交”软弱，菲射杀台渔民可达到数项目的：满足菲海岸警卫队不满情绪，收买军心；敲山震虎，威慑台湾，藉此宣示菲捍卫领土的决心，将菲推向前峰；激起两岸人民怒火，让阿奎诺三世成为全球华人的公敌，使他没有退路，全面倒向美（这对以拥有华人血统政冶家沾沾自喜者也是一个反讽）。
