其实，“整顿”期间，考验的不仅仅是技术，他们在管理上也经历了一次“涅槃”。
第一次进场时，部队的“宇航级”管理让大家受到了强烈震撼，深刻认识到自身的差距。在院长高红卫的带领下，研制团队下决心要练好基础管理这门“硬功夫”，不轻易放弃任何一个问题，穷尽所有办法，“打破砂锅问到底”。
一次振动试验时出现多余物。这个问题引起了高红卫的警觉，他要求举一反三，对全弹进行一次查找多余物的“系统体检”：对所有紧固件、哪怕是螺钉、螺母进行一次全面筛查。在以后的研制中，几乎没有出现过类似的问题。也正是从这一次开始，研制人员在生产过程中关口前移，将多余物检查写在了型号研制质量体系文件中。
“不能带着问题上天”。为了保证地面和飞行试验的真实、充分、有效，型号两总独创性地提出“天地一致性”分析，即真实性、覆盖性分析。通过分析，对各个环节是否通过了试验验证、条件是否真实、试验是否充分、状态是否到位等方面都要心中有数。对试验未能覆盖的环节，也要以现有试验数据展开深入的风险性分析，采取针对性措施来规避。此项工作贯穿于后续型号研制的全过程，对飞行试验的成功至关重要。
与此同时，一系列规章制度和管理方法相继出台：
首次系统地试行软件工程化管理，规范软件研制程序，显著提高了软件产品的设计水平；首次系统地采用可靠性工程管理方法，有效提高了产品的质量与可靠性；采取集中办公、现场办公、专题协调会等形式，及时高效处理技术问题，大大提高了工作效率。
结合型号特点，团队逆向思维，创造性地提出了“一次成功技术保障分析”的思想与工作方法，被形象地称为“成功树”。
在“成功树”提出前，型号试验更多使用“故障树”分析法，试验失利后顺着枝干反推原因，查出“元凶”，复现故障后再加以改进。这种方法如同高考时的“复读”，往往会付出更多的成本。
“成功树”就是以“一次成功”为目标，对导弹设计生产试验全过程的每个流程、环节、影响因素及控制因素等进行深入分析，采取有针对性的措施，确保飞行试验过程中系统、分系统、设备成件的每一级产品，在每一个工作流程、环节，都工作正常、可靠，达到飞行试验“一次成功”的目的。
如今，这棵“成功树”已在整个航天型号研制中扎根。刘院士后来多次提到，整顿期间形成的一系列管理“经典之作”，拉开了精细化、系统化管理的大幕。
在技术和管理这“两驾马车”的驱动下，研制工作快速推进。
那年暮春时节，试验团队再次集结，奔赴前线。
在路上，总指挥曹建国对身边的人说，火车怎么开得这么慢，你们跟司机说说让火车开快些吧。车上的每个人都在心里默默较劲：我们一定要打好“翻身仗”，拿出国家的“争气弹”！刘院士则面对着试验基地的方向豪迈地呼喊：我们又回来了！
圆梦
——巡航梦，强军梦，航天梦，中国梦……大漠捷报传四海，长河喜讯催人醉。“成功树”结出的果实是一个个句号，更是一个个惊叹号！
盛夏的试验基地，近40度的高温，这熟悉的炙烤让大家又爱又恨。
即便如此，准备工作仍有条不紊地进行。近两年的整顿让整个团队脱胎换骨，“导弹不发射、按钮不按下、复查不停止。甚至在试验前几秒，复查工作还在进行。”这样的管理要求被沿用至今。
早上8点整，指挥大厅里传出了指挥员清晰的指令：试验进入“零点”计时，“10、9、8、7、6、5、4、3、2、1，点火！”
只见导弹拖着一股桔红色的火焰，呼啸着飞出了发射筒。
指挥大厅一片寂静，似乎每个人只能听到自己的心脏“砰砰”在跳动。
“遥测跟踪正常……飞行正常……飞行正常……”热烈的掌声伴随着每一次播报，不停地在指挥大厅响起。
导弹沿预定航迹飞行，掌声一次又一次响起……
终于，大厅里传出了指挥员激动而又果断的声音：“成功！”飞行距离大大超出指标，试验圆满成功！
