1997年《四年防务评估》
仅在“摸底审查”报告一年后，F-22计划再次受到压力。国防部副部长杜奇于1994年8月18日向各军种发送备忘录，要求对数项重大采购计划进行审核。杜奇自己注意到：威胁的降低使F-22计划更难成立。他让空军考虑将F-22生产推迟四年的可能性。不久之后，洛马公司成立了一个“衍生机型团队”来探索如何进一步拓宽F-22的任务能力。该团队构思了一款能压制敌防空火力的衍生机（F-16Block50/52“野鼬鼠”后续机）和一款能深入敌方领空收集电子发射信号的电子监视衍生机。然而，这两个衍生版本一直停留在制图板上，设计团队也在1997年解散，重新回到原设计版本。
尽管如此，空军还是感到了更大压力，它必须证明F-22能满足更多的要求。一位匿名国会人士说：“我希望空军已准备好展示更完善的新战机版本。”空军意识到，重大的设计修改将使飞机造价突破可接受的水平，因此着手调整基础版本的F-22来增加其他任务能力。比如，《航空周刊与空间技术》报道说：F-22将“收集和截听电子信号，由此为海军“战斧”巡航导弹或陆军火箭炮弹精确打击指示敌方指挥所的位置。”而且，空军官员暗示了一种类似RC-135“铆接”侦察机的战略电子情报收集能力。然而，这些能力不是F-22设计标准的一部分，目前部署的F-22不能有效地执行这些任务。
为了强调F-22可以执行对地攻击任务而不仅仅是单纯的空优战斗机，美国空军在一段时期内把F-22的编号改为了F/A-22
还有更多例子表明空军为F-22计出的大量努力。例如，一位匿名空军官员指出：F-22“可与机外来源良好连接，具有一个能独立收集大量信息的传感器套件，外加一个电子扫描雷达，该雷达对雷达横切面小的巡航导弹和多种导弹组合具有良好的敏感性。”但事实上，升级后的F-15C在这些方面与F-22不相上下，或者更胜一筹（F-22只在传感器套件上明显优越）。再者，此辩说忽视了两个方面，一是没有提及F-22的最大优势（隐形），二是没有提及F-15C升级版在F-22的IOC日期数年之前就可面世且成本低得多。在另一个例子中，罗纳德·福格尔曼将军在为F-22的442架需求量辩护时声称，在未来的地面战争中，它将使领土损失减少18%，地面伤亡减少28%，装甲部队损失减少15%，只是这些辩说没有经得起伊拉克、阿富汗和利比亚战争的考验，大打了折扣。
不顾空军的反对，1997年5月的《四年防务评估》把F-22的生产计划进一步强制压缩到339架。文件指出：先前的缩减反映了军队的整体裁减，这次把F-22压缩到339架，则是“考虑到F-22的能力远胜于F-15，国家的整体采购能力不足，以及需与兵力结构的决定相一致。”空军唯一感到的欣慰是，此文件“承诺支持两个F-22攻击机联队的生产数量，”意味着能把F-22的生产总数恢复到400-500架—但该承诺始终没有兑现。
EMD阶段后期
到1996年时，计划成本飙升迫使空军部负责采购的助理部长特许设立了一个联合评估小组，旨在估算计划的未来费用并制定控制费用增长的措施。联合评估小组估计：EMD阶段将耗资185亿美元（这个数字不包括演示/评估期间花费的37亿美元）。国会随后采用这个数字来确定1998年《国防授权法》中的EMD限额，并设定了一个434亿美元的生产限额。这对F-22计划而言是一个重大的转折点，即从需求驱动转为预算驱动。根据这个“量财力购买”的战略，数量减少所节省出的资金可用于补贴生产成本。空军和洛马公司的官员起初表现出信心，相信有能力在不减少数量的同时把成本控制在国会新设的限额之内。然而，费用继续上升。
紧随1997年的《四年防务评估》之后，空军开始实施新的部队部署结构。到2000年，所有可作战战斗机中队都被编入十支空天远征部队之中，这十支远征部队可以部署来满足威慑、应急或作战的需要。与此同时，空军也明显认识到，生产339架F-22的成本将远远超过434亿美元，必须采取新的采购战略，才能获得更多资金支援，以阻止飞机生产数量的逐渐减少。空天远征部队结构成了F-22架数需求的立论依据。空军的论证是：由于每支远征部队配备一个制空F-15C中队（每个中队有24架飞机），那么空军需要10个F-22作战中队。空军部长詹姆斯·罗奇后来确定，需要的确切数目为381架，这个总数包括训练、测试和补充损耗所需的飞机。在F-22的整个生产期间，远征部队的需求构成空军采购F-22的依据。
2001年，小布什总统任命拉姆斯菲尔德为国防部长，并命令他改革国防部。新国防部长用“转型”一词，来概括国防部对后冷战时代中世界各种新型威胁所做的调整。在向众议院拨款委员会所做的早期证词中，他也阐明了装备延寿的需要：“‘战斧’巡航导弹计划和目前服役的F-15、F-18、F-16飞机都是二十世纪七十年代研制的……，九十年代起长期停购，导致军队现在难以为继。我们必须下定决心，改善现状，利及继任。”问题是哪些采购计划将被视为支持这次转型。上任伊始，拉氏似乎已对F-22计划表示怀疑；事实上，他在整个证词中只字未提空军的这项最高优先采购计划。
到2004年后期，拉姆斯菲尔德部长认定更多的F-22并不支持他的转型愿景，于是寻求更多的数量削减。成本的大幅超支，加上备受瞩目的空军采购部门高级官员达琳·杜云的采购丑闻，削弱了空军为该计划辩解的能力。在2004年后期，总统第753号预算指令砍掉了2008年以后的生产资金，实际上把F-22的生产终止在183架。此后，空军极力抗争五年之久，企图推翻这项决定，最后仅以增加4架F-22告终。
