EMD阶段前期
二十世纪九十年代早期，对冷战后“和平红利”的期盼，使国防部的整体预算处于越来越大的压力之下。到1997财年时，国防部预算已经从1985财年的高峰值减少了38%，预算中的采购份额也同时缩减了2/3（都按恒定年美元计算）。预算的紧缩对F-22的研发造成了极其困难的环境。
空军在冷战之后采取保持优势战略，准备以牺牲兵力结构来保存其战机现代化计划。为实施此战略，需要减少40%以上的现役人数，因此在1987到2000财年期间，空军兵员从602,582人减少到351,375人；同时，空军大刀阔斧地退役了F-4、F-111和A-7等陈旧战术飞机。其结果，到1993年时，空军兵力结构已经从相当于36个战斗机联队的规模减少到27个，远远超过即将卸任的老布什政府对基本武装力量所确定的冷战后缩编幅度。然而，接任的克林顿政府决心减少不断攀升的联邦财政赤字，上任伊始，便策划军队第二轮重大重组。
空军当时认为，为多项战术飞机研发计划同时拨款可能难以如愿。另外，空军高层领导人大力支持F-22，比如，九十年代初期的战术空军司令部司令（也是1981年ATF最初需求陈述文件的撰写人）迈克尔·罗上将，在其整个军旅生涯中“一直密切参与ATF计划。”当时的空军参谋长麦瑞尔·麦克皮克上将于1994年宣称，对整个空军而言，F-22“可能是唯一最重要的[采购]计划。”退休后，他继续为采购更多F-22奔走和作证。在F-22获得如此普遍支持的环境中，其它研发计划，如A/F-X（空军和海军联合打击战斗机）和多功能战斗机（F-16的替代机）都在所谓的“摸底审查”协商中为F-22让路而被砍掉。F-22计划硕果仅存，但要求这款飞机增加性能。
国防部采购副部长约翰·杜奇起初对F-22计划举棋不定。他主张这款飞机从第一批开始就增加空对地打击能力，最终可替换F-117。空军对此作出响应，同意扩大F-22的能力，正式要求纳入有限的空对地打击功能，此前空军对这项功能已经有所考虑。修改后的F-22设计在内置武器舱中安装了两套由全球定位系统导引的1,000磅联合直接攻击武器。洛马公司添加了这个“附加”能力，也将造价适度提高了650万美元。空军有史以来第一次为了增加空对空以外的其它能力而修改了F-22的设计。
“摸底审查”报告在1993年发布，把空军的战斗机力量进一步缩减到相当于20个战斗机联队的规模。原计划的F-22生产数量也减少到了442架，削减幅度与瘦身后的新兵力结构基本成比例。空军虽然有些失望，但也如释重负，毕竟F-22计划的IOC日期不会再进一步拖到2003年以后（自1991年起，已经延后两年）。
我们面临什么威胁？
自F-22计划开始以来，针对它的主要批评，是冷战后的威胁环境无法证明F-22计划费用的合理性。1993年的“摸底审查”报告明确了冷战后国防部的责任：慑阻区域性重大冲突、维持海外存在、进行小规模干涉行动、防止大规模杀伤性武器的使用。而空军高层领导人则继续将关注重心落在应对未来的高端空中威胁，认为尽管俄罗斯不太可能对美国造成直接威胁，但它的先进飞机（连同甚至是法国“阵风”战斗机等西方国家的研发计划）仍然使我们有正当理由来继续推进F-22计划。此外，麦克皮克将军立下了对空军后来二十年采购政策影响深远的隐形战机制造决心：“我们在建设未来的空军作战部队时，隐身性和打击精确性必须是头等要求。”他向国会提供的证词为F-22做了貌似最正当的辩护，他指出F-15C的替换机必须保持在敌方领空作战的能力：“如果我们想保卫美国空域，F-15已能胜任。但是我无法知道2010年我们将不得不飞往何处作战。我可以确定的是：我想在敌人的头顶——而不是在自己同胞的上空——作战，这就是空中优势对于我们的意义，这也是为什么我们真正需要F-22。”（粗体强调来自原文）麦克皮克将军还争辩说，我们同样需要F-22来对付较低威胁的环境，他指出：波斯尼亚空中行动也证明了需要这款战机的合理性，尽管飞行员在那里没有遭遇高端威胁。空军对F-22的支持始终不渝且齐心协力，但是仍然不能令人信服。
1993年12月，国家审计总局向国会呈交了一份有关F-22计划的机密报告。随后在1994年初公布了一个非保密版本，其中并附有公众证词。该报告评定，和可能的对手战机相比，F-15在五类性能——飞行性能、雷达、远程导弹、近程导弹、航程——的四类中占据优势。报告还分析了可能挑战美军空中优势而构成空中威胁的七个国家的情况，判定这些国家（中国除外）的空军各自拥有188到460架战斗机，其数量远远少于美国当时服役的F-15制空飞机；进一步看，他们的这些飞机中真正能在性能上与F-15抗衡的先进战斗机屈指可数。报告最后预测：先进战斗机的高成本很可能阻碍这些国家这些飞机的数量激增。简言之，国家审计总局的报告承认F-22能显著提高美国的空中优势能力，但认为F-15能充分满足至少到2014年之前的制空需要。基于这个评估，它建议空军把F-22的IOC日期推迟七年。
空军激烈反驳国家审计总局的报告，抗辩说该报告低估了对手威胁，而高估了F-15的能力。空军自己的分析表明：应对未来威胁时，F-15在“航程”和“近程导弹”方面处于劣势，在“雷达”和“远程导弹”方面旗鼓相当，仅在“飞行性能”方面保持优势。具有讽刺意味的是，目前的F-22并没有在空军认定的F-15的两个弱项上取得改进。尽管如此，空军加强了对F-22的论证，通过数千次模拟来演示F-15对抗多用途前线战斗机（一个前苏联从来没有投入生产的发展项目）的情景。依照“摸底审查”报告提出的同时参与两场区域性重大冲突的要求，空军的模型设计是用两架F-15对抗8架多用途前线战斗机，推演结果是，F-22将在七天内建立空中优势，而F-15则需要22-25天——并且是在遭遇了比F-22高4.8倍的损失之后。实际上，空军是根据自己对未来威胁的设想来为F-22辩护，而没有回答国家审计总局的基本观点，即空军的对未来威胁的假设不可信。
