此事的关键在于中日两国如何论证台湾以及台湾番地的主权归属。中方对于琉球漂流民遭害的最初反应是“属土之人相杀”。言下之意，这是中国境内两个族群的冲突，与莫名其妙跑来和中国交涉的日本无关。但在日本真的出兵台湾之后，争论就针锋相对地展开了。据学者张隆志的研究，在中日双方的外交折冲中，日方主张现代主权国家应该在其境内执行文明教化，才能证明实质统治，其间，日方甚至搬出“番地无主论”来论证“化外”的“生番”及其土地不属于中国。对此，中方征引“最邻近者最有资格教化论”、“日方延迟照会不符国际法论”、“从俗从宜”等原则乃至史料，论证自己拥有“化内”与“化外”的台湾全岛主权。最终，中日两国签订条约，分别以承认琉球属于日本以及台湾全岛属于中国来解决这一事件。
日方在“朝贡体系”下亲疏远近式的疆界秩序中恣意挑选一条最有利于自己的界线，然后将其直接等同于条约体系下的疆界秩序;而中方则试图对“朝贡体系”之下的疆界秩序(生熟番之分)同“条约体系”的疆界秩序进行调和。19世纪日本整体的对华作为显示：日方对于“朝贡体系”与“条约体系”两者之间的关系采取了选择性的理解。如果他们真的认为“朝贡体系”下的疆界秩序可以在某条境界之上向“条约体系”的疆界秩序转化，他们未必能够声称拥有琉球主权，但他们这样做了。总的来说，日方处理“牡丹社事件”的原始构想─将“朝贡体系”下的等差秩序在某个层次的境界上固定化为“条约体系”下的疆界秩序─反映出前近代疆界具有直接转化为近代疆界的契机。实际上清代前期的中俄划界也已出现这种倾向。但又因为日方过度简化“朝贡体系”下的等差秩序，不能反映中国拥有台湾主权的实际情形，因此日方的过度“解读”实际上只是强词夺理，终因站不住脚而只好让步。
社会运动和历史记忆
琉球并入日本版图之后，台湾、朝鲜亦先后遭到日本并吞，沦亡为殖民地。不同之处在于，琉球与朝鲜是整个国家沦为殖民地，然而台湾却是中国的一部分。虽然不同的历史前提为3个地区日后的民族解放运动提供了不同的前途设想，但日本资本主义的快速成长及其发动的帝国主义战争，却使来历不同的台湾、琉球、朝鲜，在日本的殖民支配下产生出新的联系。其中，反抗殖民统治、反对资本主义的近代社会运动，成为这种新联系中值得注目的一个侧面。二战结束前，日本共产党的领导层中有一部分人来自琉球与朝鲜，比如琉球出身的德田球一(1894~1953，日共总书记)、朝鲜出身的金天海(1899~?)，这体现出战前日本社会主义运动的跨地域特性。对于台湾社会运动者而言，这些同遭日本殖民压迫而走上革命的运动者也格外亲近，比如德田球一便与台湾出身的谢雪红(1901~1970，台湾民主自治同盟创盟主席)、杨春松(1900~1962，中共、日共党员、著名旅日侨领)等人保持着长久的国际主义情谊。
此外，台湾社会运动家连温卿(1894~1957)与琉球学者比嘉春潮(1883~1977)之间的交往也值得一提。连温卿是1920年代台湾最早期的左翼运动领袖，曾在1927年领导了台湾最大的抗日启蒙团体“台湾文化协会”的左转。比嘉春潮在1920年代工作于左翼出版社“改造社”，并与连温卿、山川均(1880~1958，日本早期社会主义运动领袖)密切往来。好读书的连温卿自比“蠹鱼”，而比嘉春潮也以“蠹鱼”自许。比嘉春潮从20年代以来，为连温卿保存了包括日记在内的大量文稿，这些材料都是研究台湾社会运动史的珍贵材料，记录了台湾人民反抗日本殖民统治的轨迹。虽然这些文稿在连温卿在世之时未能公开─不仅仅因为日本的特务统治，还因为战后国民党所展开的50年代白色恐怖─但在旅日学者戴国辉(1931~2001)教授的努力下，比嘉保护下来的这些稿件终于在70年代末期逐步得到发表，重见天日。
