对土匪，“必须用大炮讲道理，用刺刀去教训”
新疆虽然和平解放了，时局却错综复杂。国民党起义部队本来就鱼龙混杂，就在陶峙岳、包尔汉宣布起义后两三天，1949年9月28日，驻哈密的国民党官兵叛乱，四处抢劫烧杀，还抢走中央银行哈密分行库存的12箱金银，以及从兰州银行运来的500多公斤黄金。随后，国民党部队驻鄯善、吐鲁番等地的一些官兵，也发生了残杀百姓、奸淫妇女的叛乱行为。1950年3月，已改编至王震麾下的第二十二兵团骑兵第七师叛乱，这支部队原为国民党骑兵第五军，曾是国民党西北军政长官马步芳的嫡系王牌军。叛乱时，共有17个连队的2511名官兵。他们在迪化地区6个县市先后发动了7次武装叛乱，与新疆当地的一个土匪头子乌斯满遥相呼应。
乌斯满是哈萨克部落头领，又是国民党高级官员，同国民党的哈密专员尧乐博斯、国民党特务贾尼木汗相互勾结。1950年3月，趁着各族群众还不太了解共产党，而解放军官兵又忙于大生产的时机，乌斯满等人在昌吉、呼图壁、玛纳斯、阜康、奇台、木垒、巴里坤、伊吾和迪化的南山等地发动武装叛乱，匪徒连同被胁迫的民众一度达到4.5万人。蒋介石在台湾得知消息后，精神大振，立即委任乌斯满为“新疆反共司令”，封尧乐博斯为未来的“哈密王”，妄图进行反扑。到1950年12月，这股叛匪杀害各族群众1175人，抢劫各类牲畜34万多头，粮食5300多石(当时1石约为100斤)。
乌斯满不但是惯匪，还是美国的武装间谍。早在他发动叛乱前，1949年9月，美国前驻迪化副领事马克南就悄然离开迪化，跟乌斯满会合，共同谋划。
面对叛军、惯匪、特务、境外势力相互勾结的嚣张气焰，王震果断决定派兵围剿。对骑兵第七师的叛乱，王震交给第十七师的政委袁学凯去平叛，叛军很快被歼灭，其头目被击毙。对乌斯满势力，则组建了剿匪指挥部，王震任总指挥，同时还成立北疆剿匪前线指挥部，由第六军军长罗元发任总指挥。这支剿匪部队以第十六师为主力，配备了41辆装甲车，240辆汽车，1架侦察飞机等。王震的策略是，对这些土匪，能争取的要争取，如果争取不过来，则“必须用大炮讲道理，用刺刀去教训”。
然而，乌斯满熟悉地形，适应沙漠荒原气候，且善于骑射，不需要后勤供应。据参战老兵回忆，乌斯满势力比国民党还难对付，“架起机枪打也打不死几个”。此时，苏联方面表示愿意支援王震剿匪，因为乌斯满曾多次窜到苏联边境作乱，苏联深受其害。但王震有着强烈的民族自尊心，在权衡了军事上、政治上的利弊之后，他答复苏联说：“请朋友们相信人民解放军的力量，我们有把握在短期内平息叛乱。”
王震命剿匪部队兵分四路，日夜兼程进逼乌斯满的老巢红柳峡。这里地形复杂，气候恶劣，夜里气温能降到零下30多摄氏度。乌斯满对匪徒吹嘘：“现在形势对我们有利，解放军害怕我们，不敢打了。凭我们熟练的骑术，精准的枪法，一定要和他们见个高低。”没想到，1950年4月15日早晨，解放军冒着风雪，突然杀入。乌斯满仓皇逃走。被他胁迫来的哈萨克牧民，也丢下牲畜逃跑了。
此时，王震执行了争取人心的政策。他命令部队，缴获的畜群一律不没收，要物归原主，被乌斯满胁迫的牧民回来后也一概不予追究，还要允许他们保留猎枪。这些政策，使得哈萨克各部落的首领和牧民渐渐明白：解放军不是乌斯满说的那样。他们陆续回来，四处流窜的乌斯满被彻底孤立了。此后，经过100多次大小战斗，乌斯满等匪帮终于被剿灭。
1951年4月29日，迪化各族各界群众8万余人，在人民广场举行公审大会，审判乌斯满的叛乱罪行，乌斯满被执行枪决。到1952年6月，新疆全境彻底肃清了国民党长期豢养的反革命力量。据不完全统计，在剿匪战斗中，共毙伤土匪1083人，俘虏6983人，投诚627人；解放被胁迫的牧民3.1万多人，夺回牲畜17万多头。从此，新疆社会进入稳定期。
