体改办的成立标志着体改委从此退出政府内阁组成序列。人员编制从200人减为不到90人。降格后的体改办，上级要求奉行三不原则，即“不开会, 不讲话, 不发文件”，声音日渐衰微，成了真正的“清议机构”。
2003年，国务院再次进行机构改革。将国家计委改组为发展和改革委。将国务院体改办的职能, 并入发展和改革委。至此，作为指导我国经济体制改革伟大实践的专门机构不复存在。
体改委乃至后来的体改办为什么会被撤掉？迟福林认为“很多人对它有意见”，“在改革过程中难免触及相关部门的利益，矛盾很多”。
而陈锦华曾提到他听人说，体改委有些人有点放不下架子，不大愿意去找人，去请示，去汇报。这样工作就很难开展。他说体改委被撤掉“我不知道是否与上下沟通不顺有关系”。
《学习时报》副编审邓聿文做出了这样的分析：后来体改委在国家机构改革中变成体改办，并最终被撤消，应该说，既有偶然因素据说体改委的人都比较傲，不善跟领导打交道，但更多是一种必然性。有种说法是体改委的改革走得太快，栽在“产权”改革上。
不过，以今天的眼光看来，体改委的被撤消，至少还有两个原因。一是，虽然体改委没有自己的特殊利益，但它在指导、协调、统筹其他改革时，势必会与其他部门发生矛盾。这样，时间一长，发生矛盾的部门越多，体改委难免“寡不敌众”，被其他部门制肘；况且，随着改革和发展的时间越久，既得利益也日益生成并壮大，体改委的工作从而会更加难做。二是，整个社会包括高层对改革的判断此时发生了偏移，比如，认为经济改革到90年代末改得差不多了，国有企业的改革任务已经基本完成，无须再改了，今后中国的任务是发展第一，改革第二，改革应该让位于发展，以发展来促改革。发改委的名称就多少反映出了这种判断上的变化。如果这样来认识改革，对体改委的作用自然会弱化，看不到其重要性。最后，需强调的是，上述原因并非孤立地起作用，而是相互强化。
体改委的网络
上世纪80年代，中国是一个条条、块块的国家。体改委的触角和影响也体现在条条块块上。它一成立就迅速生出根来，发展网络，上情下达，有“胳膊”有“腿”。 从中央到地方每一级政府都设立了体改委，由省长、市长等行政第一把手兼任主任；国务院各职能部门也设立体改司、体改办。有了一张横向纵向的网，中南海的政令一出，即可到达每个节点。
体改委自身也衍生出了一些机构。其中影响最大的是1984年12月成立的中国经济体制改革研究所。首任所长是高尚全。体改所一度叱咤风云，它由一批优秀青年组成，其释放的能量，对历史的贡献，对那个时代青年的影响，都成为一个不可逾越的篇章。1990年，体改所被合并到经济管理研究所，改造为经济体制改革与管理研究所。原体改所的大部分成员后来各奔东西。
1986年1月，体改委成立了中国经济体制改革杂志社和编辑部，陈贤经任总编辑，出版《中国经济体制改革》和《经济体制改革内部参考》。回想80年代在体改委的岁月，原宏观司司长许美征（1930年生）说：“虽然在中南海里上班，但是，大家的生活很清苦，住房条件差，一门心思干活，是拿出干革命的劲头来工作的，有志向，有意思。”高尚全说：八十年代是改革的黄金年代，也是我最繁忙的年代。
从 1982年到1988年，与体改委同时存在的还有国家计划委员会和国家经济委员会。国家计划委员会，编制计划，宏观调控；国家经济委员会，主管工交，维持运行；体改委，推动体制转轨。那时，中国经济的运行得力于这三个支点。三个委员会在工作上有重合、有矛盾、有争论，又相互依存。很多年过去了，三委都不存在了，却为我们留下了丰富的历史遗产和思考。
（资料来源：柳红：《那些人与事》、单秀巧：《谁来推动改革：还原“体改委”沉浮之路》、刘纪鹏：《大道无形》等）
