在这次中央工作会议上，他还申诉称，中央对地方管得太多、太具体，要求中央给广东放权、给特殊政策。
那是计划经济一统天下的时代，全国经济一盘棋，要求中央放权，无疑是对中央的管理投不赞成票。所以，当时主持会议的中央负责人直言不讳地说：“仲勋同志，你要向中央要什么权啊?”
之后，习仲勋单独向邓小平汇报。邓小平听后说：“对!办一个特区，过去陕甘宁就是特区嘛!”当谈到配套资金时，邓小平说出了那句著名的话：“中央没有钱，你们自己去搞，杀出一条血路来!”
5月中旬，国务院副总理谷牧受中央委托，率领一个由中央有关部委领导组成的工作组到广东，做进一步的调查研究，并帮助广东省委起草了《关于发挥广东优势条件，扩大对外贸易、加快经济发展的报告》上报中央，将特区定名为“出口特区”。
7月中旬，中央做出了批示(即1979年“50号文件”)，批准广东改革开放先走一步的方案，同意广东、福建两省在对外经济活动中，实行特殊政策和灵活措施，并在深圳和珠海两市试办“出口特区”，待取得经验后，再考虑在汕头、厦门设置。
1980年3月末，谷牧又来到广州，主持特区成立大会。会上，“出口特区”改名为“经济特区”。8月，全国人大常委会正式向世界宣布：中国将在深圳、珠海、汕头三市，分别划出一定区域，设立经济特区。此后不久，深圳特区设立，习仲勋亲自主持了奠基仪式。
1980年12月，习仲勋调离广东到中央，依然心系特区。他曾多次到深圳调研，叮嘱说：“小平种的这个试验田，现在长的苗又壮又肥，这条路是对的，一定要走下去。”
当特区遭遇非议时，他对时任深圳市委书记李灏说：“不要听人今天说这个明天说那个，深圳是中国特色社会主义的榜样。”
鲜为人知的是，习仲勋晚年在深圳住了12年。直至2002年2月，他才因病重回北京治疗。当年5月24日，在京辞世。
他晚年住在深圳，是以实际行动表达对经济特区的最大支持。
