审计署曾经发布报告披露，中央参与转移支付资金分配的部门多达37个。自2006年以来，不同领域的专项名目加起来通常超过200项。由于一般性转移支付是按照公式化的分配办法，中央转给地方的资金有着复杂的计算公式，所以跑部不跑部并不影响分配结果。而专项转移支付则完全灵活分散于中央各部门，地方能拿到多少，很大程度上取决于公关能力和与上级部门的“亲疏关系”，因此催生了广为诟病的“跑部钱进”现象，成为权力寻租的“重灾区”。
事实上，专项转移支付多年来一直面临改不动的局面。早在2006年，财政部就已经提出要对现有转移支付进行必要的清理整合。对到期项目、一次性项目以及按照新形势不需要设立的项目，予以取消；对使用方向一致、可以进行归并的项目予以整合；对每年数额固定，且分配到各省数额固定的项目，调整列入财力性转移支付。当年，专项转移支付达4411.58亿元，共计213项，一般性转移支付4731.97亿元，两者比例接近1比1。专项转移支付比例过大引起的问题开始受到决策层的重视。次年，财政部明确表示，以法治化、透明化为方向的《财政转移支付暂行条例》已基本完成，将在2008年正式出台。然而，随着2008年的大规模经济刺激计划的上马，转移支付改革进入了迟滞期。
专项转移成“问题资金”重灾区
2009年和2010年的专项转移支付规模迅速扩大，超过一般性转移支付。2009年达到了近年来的最高点52.5%，大量中央财政资金通过立项、审批的模式经过国家发改委和相关部委间协调，最后由财政部拨款。从2010年比例开始逐渐回落，但仍然保持着相当大的规模。2012年，中央向地方转移支付的预算数额为17386.26亿元，而实际执行数额则为18791.52亿元，2013年的中央预算报告中，中央对地方总体转移支付中，专项转移支付占到44%，比2012年执行数下降约3%，但绝对数字仍然比上年增加2.5%。
占比过重、涉及面广，中央大笔资金层层下达，虽规定专款专用，但监管起来难免鞭长莫及。“以教育专项资金为例，财政厅教科文处占一部分，基建处占一部分，企业处还占一部分，其他各个口都有一点，各处汇总后，才能算出来专项执行的情况，而且各个处的统计口径都不一样，最终的数字也不一定严丝合缝。审计的时候完全靠的是指标文件，就是看财政部门下拨了多少钱，具体分到了哪些科目、市县，还有就是看时效性，比如，为什么中央1月份下拨的钱，3月份才花。另一方面就是看资金是否被挪用。”甘肃省财政厅一位不愿具名的人士表示，审计只要不违背《预算法》和相关的经济法律就行，审计单位和被审计单位是相互博弈的关系，就看谁能把谁说通，账目本身没有什么算头。
监管乏力使得专项转移支付成为“问题资金”的重头。根据审计署最近发布的报告，285项专项转移支付中，有25项因投入市场竞争领域、投向交叉重复等需要清理整合。抽查能源节约利用、可再生能源和资源综合利用三个款级科目转移支付资金在18个省的使用情况发现，至2012年底，这些地方当年收到的420.92亿元中央专项资金中，42%的资金结存在各级财政或主管部门。同时，拨付到项目单位的资金有7.73亿元被虚报冒领、挤占挪用。
