软肋二：资金分配欠规范，随意性强，诱发寻租
相对而言，一般性转移支付用于缩小地区间财力差距，具有均衡作用，且分配上有一套明确的计算公式和方法，所以属于阳光资金。而一部分专项转移支付即便是配合政策，也显得随意性强。全国政协委员丁时勇认为，专项转移支付分配过程不够公开透明，容易产生“跑部钱进”、暗箱操作等管理黑洞。
半月谈记者了解到，广西财政厅最近完成一个课题《完善中央对地方财政转移支付体系研究》。该课题分析认为，一些专项转移支付分配时没有按照因素法和公式来计算拨款额和配套率，而是凭一定主观因素或地方配套资金的高低来确定补助与否和拨款额，自由裁量权相对较大。有些地方为了争取专项转移支付资金，不得不花费人力物力进行“讨价还价”。
湖南财政厅课题组调研同样指出，由于资金分配的盲目性和随意性较大，财政资金甚至出现部门化、利益化现象。目前多数专项转移支付在分配管理上是一个项目一个办法，不少缺乏规范性、透明性和公正性。
近年来，专项转移支付涉及基础设施、农林水、国土气象、教育科技、医疗卫生、社保等多个领域。有基层干部开玩笑说，专项转移支付资金几乎就像是各个部委绑在渔竿上的“诱饵”，钓地方政府上钩，地方政府只能各显神通，积极上钩。
专项转移支付是很特殊的资金，背后主要体现的是部门履行职责的手段，同时也是部门权力的体现、部门利益的载体。这个特殊性恰恰给某些人通过特殊手段进行权力寻租创造了空间。在中央有些部委、地方有些厅局，一个处长手握上亿元的资金审批权。一些有途径、有人脉接近部委的地方政府，正好可以由此找到地方利益和部门利益的“结合点”。
湖南一位县长曾向记者诉苦，在专项转移支付问题上，他这个县长如果不确定明年上级给该县多少，也就不好安排明年的工作，为此困扰不已。因为资金拨付缺乏公开、透明，他这个县长只能瞎跑省里，跑北京。各地驻京办几乎等同于各地驻京财政局。
软肋三：多头管理，资金使用效益不佳
专项补助原本是为解决某类特定的经济社会问题而制定的政策，而相关审计调查发现，一些专项政策本身设置就不科学，或偏离目标，或过度超前，或脱离实际，造成一部分项目的政策目标难以实现，部分专项资金打水漂。一些地方政府利用中央转移支付的特殊政策，搞华而不实的形象工程与政绩工程，造成资金损失浪费。
湖南省财政厅课题组调查发现，专项补助资金投入渠道多，资金分散，撒胡椒面，也使得财政资金难以形成合力，使用效率低下。
调查反映了在许多地方普遍存在的难题：一些内容相似的建设项目如土地整理、标准化粮田建设、巩固退耕还林中的基本口粮田等建设项目，由于各个部门事先没有沟通协调，项目申报往往分散、重复和交叉。有时是几个部门的项目在同一个地方你修一段渠道，我也修一段渠道，你建几条机耕道，我也建几条机耕道，缺乏统一的规划。甚至有些镇，几乎年年有涉农资金落实到同一个地域，做类似的项目，重复浪费严重。
湖南省祁阳县财政部门负责人告诉记者，今年来自上级拟付的全县涉农资金近5亿元，共6大类149项，涉及49个部门，资金分配及项目建设同样也涉及49个部门。各部门在项目设置、资金分配上基本上是各自为政。
甘肃一些县的干部反映，基层的民生支出日益增长，地方财力急需补充，但是“买醋的钱不能打酱油”。对于专项资金，基层政府无法像使用一般性转移支付那样统筹使用，不能集中力量办大事。
“管理成本高、效率低。”这是全国人大常委会预算工作委员会研究室负责人调研指出的弊端之一：每年的专项转移支付资金，先由中央有关部门与财政部门研究确定支出项目，下达到省级财政，再由省级有关部门与省级财政部门研究，下达到市、县财政，工作量大，环节多，链条长，资金拨付到位慢，往往贻误项目最佳实施时机。从国家部委到基层乡村、社区，经历多重环节拨付，一些专项转移资金使用跑冒滴漏现象较为突出，很容易被截留或挪作他用。
一些基层政府部门为争取专项转移支付资金，层层向上级汇报，甚至直接进京反映情况，成本很高。广西某市财政局负责人向记者透露，某县主要领导“定调”，无论花多少代价，底线是只要不亏本即可，跑来100元，哪怕花费了60元，剩下40元也是赚了。
