成熟
现代企业制度不是一种追求，是企业发展中必然的需求。
随着学校进一步发展，另一个问题又逐渐暴露了。新东方最初的时候是典型的夫妻档，发展到一定程度，俞敏洪把母亲接到北京之后，她也介入到学校事物中来了，此后陆续有些亲戚进来，包括爱人的姐姐、姐夫。其他合作伙伴也效仿俞敏洪的这一做法，将自己的亲戚介绍到学校来工作。
有人就找机会同俞敏洪说，你老妈在学校会影响我们工作的积极性。俞敏洪仔细一想也对，家族企业这个问题到这一阶段就应该解决了，但是他自己的亲戚不走，别人亲戚也不会走，于是他下了一个文，亲属回避原则文件，直系亲属一律不能在新东方干。
先把爱人的姐姐、姐夫拿下，又把老妈劝退了。爱人觉得他一点道理也没有，因为新东方实际上是她一起做下来的。随后是半年没理他，天天打架。母亲这边也颇不理解，最后他想了一个办法，在新东方安排了一个5平米的办公室，母亲来新东方可以休息一下，但是不能干预学校具体工作。
[人事]
各管一块没有解决所有的问题，俞敏洪总结：2000年左右的时候，新东方的电脑培训出现了，那谁来干，新东方品牌是大家创起来的，你俞敏洪干，利润100%归你，那我们这些人干吗呢，你来干我一分钱没有，我怎么能让你干呢。
公司要进一步发展，必须要妥善地解决相关的利益问题，但是这个问题不那么好解决。
王强回忆说：当时大家面临着痛苦，因为都是知识分子，比较爱面子的，一谈到转制有很多尖锐的矛盾就冲突起来了。俞敏洪则认为，关键是他们根本就不懂如何处理，之前从来没有学过的商业规矩，从来没有学过股份制，连有限公司和无限公司都搞不清楚怎么回事。
2003年新东方学校注册成立了新东方教育集团，俞敏洪身兼董事长和总裁职务，此时有传闻说，对于俞敏洪独揽大权，徐小平和王强很不满意，要退出新东方。
不过最终这个团队没有解体，俞敏洪的解释是，可能离开了某一个时期所担任的具体职位，但是没有离开过新东方。事后俞敏洪总结，新东方在这个改革过程中间，最后到了新东方上市了，居然没散伙，可真是个奇迹。
还是有人离开了，2004年4月，原新东方集团总裁、北京新东方学校第二任校长、人称“中国雅思第一人”的胡敏离开了新东方。随后创办了“新航道”。胡敏1995年来到新东方，曾为新东方开创了利润较大的四级、六级、考研、雅思4项培训项目。这一阶段，新东方出版的70％图书，也都是由胡敏策划完成。
2003年新东方业绩下滑，董事会要求时任总裁和校长的胡敏作出解释，胡敏认为根本就是非典带来的问题。随后辞去总裁和校长接受副董事长职位。再后来，就出书的问题上同董事会产生争执，最后选择离去。
俞敏洪在接受《北京晨报》就这一事件回应：“权力斗争？这在新东方是不存在的。因为任何一个总裁的权力都在董事会的控制之内。关于胡敏的离开，主要是因为他的管理理念、方法可能与董事会不一致。”
[面对面ETS]
这一阶段，业务也暴露出了问题。
2002年5月30日ETS状告新东方学校侵权，ETS考试中心外联处主任托马斯-艾文指出：新东方在考试培训中非法使用了他们的教材和考题，其中包括正在使用的考题。这属于“盗用”，为此新东方要负法律责任。
美国教育考试服务中心(Educational Testing Service，简称ETS)成立于1947年，是目前世界上最大的私营非营利教育考试评估机构。该组织为近200个国家的个人、教育机构和政府部门提供服务。
新东方辩解，正是由于ETS在中国并没有正式出版培训资料，中国学生必须用高昂的费用从美国邮购，才导致现在的局面。“我们曾经花费700万元从美国买资料，700万元人民币请律师，去美国跟ETS谈合作，但是ETS都没有一个明确的态度。”
这一事件，最终新东方以赔偿600多万了解了这场官司。当时新东方百分之八九十都是全是国外考级培训，这一场官司使俞敏洪认识到收入多元化的重要性，新东方随后开辟了少儿英语，中学英语，国内考试基础英语，其他语种培训，职业英语等针对不同人群的培训，到2006年，考级培训的收入已经降至两成。
