至9月4日，起草组共收到各类意见、建议1700多条。大至文件框架、总体思路，小至遣词用字、标点符号，每一条意见、建议都体现了提出者认真、负责的态度。起草组经过分类汇总，慎重研究，对全部意见、建议逐条提出了处理建议，报全体会议审议后，对《决定》稿认真进行修改。
9月18日、29日，胡锦涛总书记分别主持中央政治局常委会议和政治局会议，对修改后的《决定》稿再次进行讨论。起草组随即根据会议精神再次修改，形成了《决定（讨论稿）》。
10月11日，十六届三中全会在北京举行。全会安排3个半天，对《决定（讨论稿）》进行讨论。温家宝总理就讨论稿向全会作了说明。
会场内，审议认真而热烈；会场外，修改工作同步进行——
12日晚和13日下午，起草组连续召开全体会议，汇总全会各小组的意见、建议，对讨论稿作进一步修改。
13日晚，胡锦涛总书记主持中央政治局常委会议，对修改后的讨论稿进行审议。
14日上午，根据当天上午全会讨论情况，起草组争分夺秒，对讨论稿又进行一次修改，形成《决定（草案）》。
从11日到14日，出席全会的中央委员、候补委员和列席会议的有关同志提出的意见和建议，涉及粮食生产、扶贫开发、安全生产、科技教育等多个方面。起草组据此对《决定》稿进行了认真修改。
14日下午3时，散发着墨香的《决定（草案）》摆在每一位中央委员、候补委员的座席上。几上几下、经过数十次修改的《决定（草案）》，是对历史和实践的科学概括，凝聚着集体智慧的结晶，获得全会的一致通过。
承前启后，开拓创新。《决定》在理论和思想上的重大突破，表明党运用市场经济规律的能力进一步提高，必将对深化改革、促进发展发挥极其重要的指导和推动作用
十六届三中全会公报的公布，和随后《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》全文的发表，立即在海内外产生强烈的反响。舆论普遍认为，《决定》在理论和实践的结合上有重大的突破和创新，是指导我国今后一个时期经济体制改革的纲领性文件，对推进改革开放和现代化建设具有重大而深远的意义。有外电敏锐地意识到：中国的改革将以《决定》为标志，进入一个崭新的阶段。
在继承中发展，在发展中继承。从初步建立社会主义市场经济体制，到建成完善的社会主义市场经济体制，进入全面建设小康社会的新世纪新阶段，中国的改革正在新的起点上，开始更大的历史跨越。
在这一历史背景下产生的《决定》，深入贯彻邓小平理论和“三个代表”重要思想，既坚持贯彻20多年来我国改革开放的基本经验，又在理论和实践上有许多重大突破和创新，提出了在更宽的领域和更深层次推进改革的任务。《决定》的形成，标志着我们党对在社会主义条件下发展市场经济的认识进一步深化，运用市场经济规律的能力进一步提高，是我们建成完善的社会主义市场经济体制和更具活力、更加开放的经济体系的纲领性文件。
这是一部充分体现科学发展观、改革观的《决定》——
20多年改革开放启示我们：社会发展的战略目标，不是单纯追求国内生产总值的增长，而是在经济发展的基础上促进社会全面进步，促进人的全面发展；经济体制改革不仅要有利于促进生产力的发展，而且要有利于全面体现社会主义现代化事业的要求，实现社会和谐和全面进步。
正是在这样的理念指导下，《决定》鲜明提出了“五个统筹”的重要思想，即统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放。
