出狱后的思考反省
魏佑铸将军曾说，延安时期，毛泽东曾称邱会作为“小马克思”，此言确否待考。1981年1月25日，邱会作之子邱路光取一笔记本示人。
该笔记为将军1999年八五高龄所记，有记高科技知识者，如“纳米技术是讲长度的，一根头发丝的万分之一叫一纳米”；有记历史典故者，如“天杖（打板子）是隋炀帝的儿子杨坚发明的，打死了还要打二百四十板，取名天杖”；有记生物常识者，如“文昌鱼是全世界鱼的祖先”。更多的是将军对时政的分析思考，如“知识经济的周期性很短，各领风骚数百年的时代过去了”；“文化革命前是政治造假，改革开放后是商品造假”；“每两天有一个厅局长腐败，每几月有一个省级干部腐败，假冒伪劣都与国家干部有关。反腐败必须做到三条：1。教育；2。人事制；3。纪律”；“当今平民百姓面临新的三座大山：房子、医疗、子女上学”，等等。
将军年迈仍好学如此，反省“文革”教训，紧跟变革大势，常人后辈弗如也。
邱会作1987年刑满出狱，2002年7月18日病逝于北京协和医院，享年89岁。将军逝世后，骨灰安葬于八宝山革命公墓。2008年11月21日，家人将其骨灰迁往家乡安葬，同时举行了将军铜像的安放仪式。铜像屹立于雕栏围砌的墓地中央，形若真人，目视远方。据将军家人言，邱会作晚年曾三度想回家乡看看，皆因身体原因而未能如愿。逝世6年后，终于可以落叶归根、魂归故里了。