主持“总后”工作12年
1957年，周总理拟调邱会作任国家经委第一副主任，并告之先到苏联和捷克等东欧国家考察。将军暗喜，诺诺而应。考察归来，找总理汇报思想，一脸愁容：“我不想脱军装。”总理哭笑不得：“你这个邱会作，给我耍滑头。”将军“嘻嘻”而退。是时，邱会作任解放军总后勤部副部长。
1959年庐山会议后，林彪主持中央军委日常工作，彭德怀及总参谋长黄克诚、总后勤部部长洪学智均被撤职。邱会作由此接任总后勤部部长，达12年之久。有报道称，邱“把总后搞成针插不入、水泼不进的独立王国”。
1960年，时任总政治部主任的谭政挨批撤职，仍任军委委员，安置总后。邱会作体贴入微，待之甚恭。谭政每星期一、四到总后上班，邱安排谭上午读报、看文件；中午接至家中共进午餐并留午休；下午派人陪打麻将半日。某日，儿子邱路光问：“这位撅着嘴的老头是谁？”将军对曰：“他是你爸上级的上级，就像你爸爸的爸爸。”
邱会作既能干事又会办事，中央及军委有关领导凡遇困难，均喜找他帮忙解决。
邱会作并非“玩主”。邱路光言，将军不跳舞、不打猎、不下棋打牌，唯以学习和工作为爱好，称之“工作狂”不为过。路光记忆中父亲建国后只休假一次，因那时母亲小产，于青岛休息一月。邱会作每晚下班极迟，夫人定家规，邱不回家不开饭，故凡将军下班车响，其子便高呼炊事员：“刘叔——开饭！”全家一片欢腾。