周对于邱有救命之恩
1935年红军撤离江西时，邱会作在善后部门工作，负责埋藏带不走的机器、文件、杂务等。等部队要出发了，邱也做完事情处理完毕了，就向邓发汇报工作说已经完成任务了。邱心想，可以走了吧，却不曾料到被绑了起来，准备带向山后（准备杀掉灭口）。此时正巧周恩来路过，邱会作命不该绝。周看到五花大绑的邱，问邓发这是怎么一回事。邓发答到，留着（邱）是祸害，万一跑了，埋藏点就会暴露了。周注视小邱良久（邱一再提起这个细节），缓缓道：他，还是个孩子啊！交给我吧……后来长征时，周患重病，肝脓肿，高烧昏迷不醒，是邱和另外三人一直用担架把周抬出草地的。可见邱会作也是个报恩的人，对于后来邱在文革初期几近被打死，是林彪写纸条救了他，就算林彪后来被定为坏人，那么对于这种知恩必报做法，邱会作在道德上又有什么可以被指责的呢？
而且相对比之下，邱与林第一次见面却是在辽沈战役期间而且还是去挨骂的，可见周邱的关系比邱林的关系更久远，也更密切。
后来，周恩来对这段经历也是多次提及。
1967年1月19日，邱会作接到中央军委“文革小组”的命令，从西山回到总后机关，遭到包括罚跪、喷气式等刑罚在内的更为严重的武斗，被打断一根肋骨，肩胛骨骨膜、两片肌肉断裂，造成终生残废。他乘着看管人员的疏忽，在纸片上向老毛、林彪写了呼救信，林彪让叶群持中央文革小组长陈伯达的手令，才保了他一条性命。但是在1967年1月23日，解放军第二军医大学“红色造反纵队”、“红色工人造反纵队”主办的《红色造反报》第5期仍然发表了一组批判总政治部副主任刘志坚、总后勤部部长邱会作的文章。
1967年3月30日周恩来对着一群革命小将门，作了一大段关于邱会作的讲话。首先周回顾历史表达了邱是我周恩来看着长大的，而且是行影不离的。并且告诉革命小将门是在1959年，是老毛自点名叫邱担任总后勤部部长的。邱作的很出色，有多么出色呢，周恩来在点名道姓地点评了我军历任总后部长之后说：“邱部长是我军历来最优秀的后勤部长，是最好的后勤部长。这不仅是我的看法，也是党中央、毛主席的看法！”