1943年1月16日，国民党新疆省党部成立。重建国民党新疆省党部，无疑是国民党控制新疆的一大要政。从此国民党在新疆的党务活动有了基地。组建的头几个月，省党部只有40多人，后来编制逐渐增加。国民党力图通过发展党员和建立各级组织来控制新疆，仅1943年就发展党员7224名，发展对象主要是公务员、青年学生、教员，还有商人和其他阶层的人员。这一年的6-8月，共成立县党部31个。全年成立区党部84个，区分部461个，小组808个。省党部下属各级组织的建立，使国民党在当地有了一批力量，这表明国民党在与盛世才争夺地方干部的斗争中已经迈出一大步。
国民党不断地从内地往新疆调派外交、党务、政府、军事、特工、金融、文教等各类人员。1942年底，重庆集中了数百名青年进行进疆前的训练，还有5000多人报名愿意到新疆工作。官方宣扬进新疆要效仿张骞、班超，“献身边疆，开发大西北”。“到新疆去！”在当时的重庆成为一个时髦的口号。国民党中央制定了一个《派新工作人员待遇办法》，对派新工作人员继续支给原任党政职务的职级和薪水，同时根据派新后担任工作的职级支给新疆地方待遇，这对于当时濒于饥饿线下的重庆公教人员是一个很大的刺激。“因此在梁（寒操）、黄（如今）等去新以后，陆续一批一批地派去了不少干事、总干事（相当于县书记长）级的人员。除一部分在省党部工作外，在盛世才离新前夕，全疆成立县党部的县已超过半数，县书记长均以此类人员充任。”（注:金绍先:《国民党反动势力进入和统治新疆》，《新疆文史资料选辑》第2辑，第30-31页。）调入新疆工作的还有蒙、藏训练班的学生。这是国民党专门培养的党务人员，到新疆后担任基层领导职务。
国民党不但从内地调派人员到新疆，还在新疆就地培养力量。1942年4月，国民党在迪化成立中央训练团新疆分团，它前后举办十期训练班，训练了数以千计的人员。仅当年就办了三期，训练出580余名干部，被分配到各级党部充当骨干。
在经济领域，国民党经济部工矿调整处处长林继庸调往新疆任省府委员兼建设厅长。林出发时带了一批公路、水利等方面的工程技术人员，还有一批教师、医生、新闻工作者等也陆续进入新疆。在金融、商业等方面，国民党当局毫不迟疑地插足新疆。1943年3月哈密成立中央银行哈密分局。次年元月，迪化也设立分行和中央信托局迪化分局，办理各种金融业务。2月，建立新疆海关，下设分关和支关，掌握了关税贸易大权。
国民党图谋新疆的另一手段是严密控制意识形态，在文化思想领域大肆传播国民党的宗旨、党义之类，宣扬蒋介石的反苏反共法西斯言论。他们控制宣传出版机构，用维、汉、俄等文字刊印宣传国民党所谓党义的各类书籍达16种、12.65万册。另一方面，查禁进步书籍，经过他们审查的332种图书，有71种被查禁。具有讽刺意义的是，连盛世才引以为荣的《六大政策教程》也在封存之列。对进步戏剧、进步电影也不放过，有12个剧本、22部电影被禁演。
国民党将控制新疆的外交放在极其重要的位置。宋美龄在新疆与盛世才见面时，谈到的条件之一就是国民党委派新疆外交特派员，吴泽湘便充当了这个角色，在迪化建立了外交署。
由于有前次以黄、罗宣慰图谋新疆的教训，国民政府把军事视为控制新疆之关键所在，“中央军之入新，表示新疆真正属于国民政府。”（注:张大军:《新疆风暴七十年》（九），第5129页。）1941年吴忠信劝说马步芳把河西走廊交给国民党驻防。马步芳为了自身利益，亲自到重庆向蒋介石表忠心，愿意让出河西走廊。次年春，蒋介石即派嫡系胡宗南部队进入河西走廊，从而控制了从内地通往新疆的通道。1943年朱绍良以第八战区的名义调六个徒手新兵团入新交给盛世才训练。同年9月，又派所属十八混成旅入新，1944年春，再将上年秋在武威成立的第二十九集团军总司令部移到新疆哈密。乌斯曼在阿山组织暴动反对盛世才统治，国民党乘机以平乱为由派大批部队入新。
盛世才投靠国民党的目的是为了继续维持其对新疆的统治。而国民党的方针是要通过盛世才之手全面控制新疆。因此随着国民党势力在新疆不断增长、扩大，盛世才与入新的国民党势力之间矛盾也就随之尖锐起来。起初，到新疆的国民党人员还能够按照蒋介石的指示“事事秉承盛督办之指挥督导”，“处处小心谨慎”（注:《蒋介石对派赴新疆工作同志之指示》（1942年12月21日），《总统蒋公思想言论总集·演讲》卷19，第403、405页。）。但是没多久，就盛气凌人，自恃有中央为靠山，对盛多有抨击。盛世才对国民党人员也多方监视和限制，如1943年3月，成立了监督新疆政务的机构——新疆省监察使署，可是作为监察使的罗家伦基本无权过问政事，终日填词吟诗，看《新疆图志》。
1944年，国际国内形势迅速发展，在国际上，反法西斯斗争节节胜利，苏联军队把德军赶出国土；在国内，国民党在华中华南一再败退，而共产党领导的八路军、新四军捷报频传，见风使舵的盛世才又想再次倒向苏联，继续依靠苏联的力量维持其在新疆的统治，保住“新疆王”的地位。于是他又玩起了惯用的伎俩，即制造所谓的“阴谋暴动案”，把重庆派来的人员绝大多数逮捕起来，对蒋说被捕者全是共产党人，对斯大林说是日本间谍、蓝衣社成员。但是，蒋介石和斯大林都不相信他，盛世才搬起石头砸自己的脚。当时，由于盛世才为投靠蒋介石而迫使苏联势力退出新疆，从而与苏联关系恶化，激起苏联的怨恨，盛世才已成为中苏关系正常化的一个障碍。蒋介石决心彻底解决盛世才。1944年8月12日蒋介石在重庆黄山市官邸接见蒙藏委员会委员长吴忠信，告诉他准备去新疆接替盛世才。16日，朱绍良飞抵迪化，代表蒋介石要盛世才离新，去重庆当农林部长。与此同时，国民党军队亦作好应变准备，若干架飞机集中于酒泉待命。至此，盛世才感到大势已去，不得不听从蒋介石的安排。
结束语
经过十多年的努力，南京国民政府最终统一了新疆，结束了新疆长期的实际上的割据状态。蒋介石为此也十分得意，认为这是“国民政府自成立以来最大之成功。”（注:（日）古屋奎二:《蒋总统秘录》第13册，第64页，（台湾）中央日报社1982年版。）也正因为盛世才将新疆完整地交给了国民政府，所以蒋介石才不计一切前嫌，对盛世才过去的过错全部宥免，并为之一保到底。比如，1945年5月17日国民党第六次全国代表大会上，新疆代表麦斯武德在大会上控诉盛世才在新疆的罪行，翌日，蒋介石就在大会上发言，为盛世才开脱:“诸位同志，要知道新疆省在我国西北边陲，其面积十五倍于浙江省，自民国成立以来，中央与该省之联系似断似续，无权过问，盛同志卒能运用其力，将新省奉献于中央，功在党国，诸位同志，要明了此旨，顾念大体，勿再责难往事。”（注:吴忠信:《主新日记》（1945年5月18日），转引自蔡锦松:《盛世才在新疆》，第406页。）但是蒋介石的喜悦并没有持续多久，随着国民党势力进入新疆，国民党的腐败也到了新疆。1944年秋，新疆发生了反对国民党统治的三区革命，建立了与国民政府对恃的政权，虽然经过和平谈判，建立了联合政府，但是十分短暂，这样几十万国民党军队被牵制在新疆，不能开到内地配合蒋介石打内战。随着解放战争的胜利发展，新疆迎来了和平解放的曙光。
